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MPIルートプロセスのプリントアウトが欠落しています。データの読み取りだけを処理した後

大きなデータファイルを読み込んで計算を行うルートプロセスを最初に指定し、プロセス。ここに私のコードです：（1）nsample=30000と（2）dens_ent行列を生成するいくつかのルール（3）他のプロセスにブロードキャストでtxtファイルから乱数を読み取ります。 Btw、私はgfortranでOpenMPIを使用しています。 IF (myid==0) THEN OPEN(UNIT=8

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python3.5でmpi4pyを使用

私はpython3.5でmpi4pyを使用しようとしています。私はopenMPIをインストールしてから、mpi4pyモジュールをUbuntu 16.04にインストールしました。私がしようとすると、インポートmpi4pyとき、私は次のエラーを取得する： Python 3.5.2 (default, Jul 5 2016, 12:43:10) [GCC 5.4.0 20160609] on lin

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mpi4py Suseシステムでのコンパイルエラー

サーバからopenmpiでmpi4pyをコンパイルした後、ランタイムエラーが発生します。 OS: SuSe GCC: 4.8.5 OpenMPI: 1.10.1 HDF5: 1.8.11 mpi4py: 2.0.0 Python: 2.7.9 環境設定：私は（サーバーのない管理者権限） (ENV) [email protected]:~/test> echo $PATH /opt/

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mpi4py Gatherv向きKeyError： '0'

mpi4pyの新機能です。私は多数のプロセッサーによって大きいnumpyの配列dataを処理するためにコードを書いた。私が入力ファイルを提供できないので、私はdataの形を言及しています。 dataの形状は[3000000,15]であり、文字列タイプのデータを含んでいます。 from mpi4py import MPI import numpy as np import datetime as

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OpenMP：PARALLELブロックにMASTERとFORを正しくネストするにはどうすればいいですか？

私はOpenMPとOpenMPIの両方でプログラムを作成しています。最初のノードで実行されているプロセスでは、スケジューラ（他のノードとやりとりする）と計算を行う他のスレッドが必要です。コード構造が似ている：私が欲しいもの int computation(...) { #pragma parallel for ..... } int main(...) { ...

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SparkとOpenMPIがクラスタ上に共存するための優先順位を設定するにはどうすればよいですか？

私たちには、パブリック・フェイスのWebアプリケーションからジョブを実行するためのSparkを実行する小さなクラスタがあります。ここでSparkを使用する目的は、Webアプリケーションの効率的な待機時間を確保することです。そのため、ジョブの送信時には、できるだけ早くクラスタからの応答が必要です。多くの場合、アイドル状態です。 Sparkは必要なときに高速化する必要がありますが、必要がない場合は、

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HPLのエラーを構築する

私は成功なしでHPLを構築しようとしてきました。私はOpen MPIをインストールしており、正しく動作しています。私はBLASライブラリも持っています。しかし私がビルドしようとすると、openmpiに関連するエラーが発生すると思います。たとえば、「opal_install_dirs」はlibopen-palのシンボルです。しかし、私はこれらの未定義の参照がどこから来たのかわからないので、私はそれ

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直接バッファにオブジェクトを書き込む最も速い方法は何ですか？

ByteBufferに直列化オブジェクトを書き込む必要があります。オーバーヘッドのコピーや中間の変換を行わずにそれを作成する最速の方法は何ですか？私はopenmpi-javaを介して大きなオブジェクト（2GB以上）を転送する必要があります。これはダイレクトバッファのみを使用する可能性があるため、提案したアイデアを基にしたいと思います。

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C++のAllocエラーOpenMPI ForループのVector（またはDequeまたはList）にオブジェクトを追加する

OpenMPI用にコンパイルされたC++（WindowsおよびLinux用）を使用しています。私は、クラスオブジェクトをOpenMPI forループ内のベクトルに追加する際に、奇妙な一連の割り当てエラーが発生しています。デバッグは、私の "AddEntry（）"メソッドを中心とするallocエラーのシフトパターンを示しますが、ループ内の一貫した場所や、追加しているオブジェクト内の一貫したメンバにエ

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Slurmランスクリプト内でOpenMPIジョブを実行している場合のSegfault

Infinibandを介して接続されたIntel Xeonノードを持つ小規模なクラスタ環境を実行しています。ログインノードは、infinibandインタコネクトに接続されていません。すべてのノードがDebian Jessieを実行します。ログインノードでSlurm 14.03.9を実行します。 OpenMPIのシステムが古く、私が必要とするMPI3-Interfaceをサポートしていないため、私