fastq

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Pythonの2つの文字列間の特定のパターンを探しています - fastqファイル - シーケンシングの読み込み

私は2つの特定の文字列間の文字列を探すのに役立つコードをPythonで記述しようとしています。単一の文字列でコードを実装すると、目的の出力が得られます。しかし、配列の配列にパターンをマッチさせる必要があります。それは私にエラーを投げつけ続けます。私は単一の文字列をしようとすると、 import re def find_between(prefix, suffix, text): pattern

python pattern-matching jupyter-notebook fastq sequencing 2017-06-20

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perlのサブルーチンで空のファイルを削除する

空の出力ファイルを削除するために、次のスクリプトでコードを追加します。 1つのfastqファイルまたはフォルダ内のすべてのfastqファイルをfasta形式に変換すると、すべての出力fastaファイルはfastqファイルと同じ名前になります。 （NNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTGAAGAATGCGACGTACAGGATCATCTA）を指定したすべてのシーケンスを除外するオプションがあ

perl bioinformatics fasta fastq sequencing 2017-01-24

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awk：一致する前後の行で出力する

私はbashの使用を開始したばかりですが、grepで 'while'というループを使用していた問題についてこの質問をしました： grep issues when using two files - I've tried everything 以下の問題のため、ループ中に 'grep'の代わりに 'awk'を使用するように言われました https://unix.stackexchange.com/q

unix awk fastq 2017-08-16

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複数のシーケンスをフォルダ内のfastqからfastaに変換する

フォルダに含まれるすべてのfastqファイルをfasta形式に変換したいが、各ファイルは元の名前を保持するが、fasta拡張子では次のコードをperlで作成し、しかし、それは各ファイルの最後のシーケンスを抽出するだけです!!! #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; use Getopt::Long; my ($dir, $files, $f

perl bioinformatics fasta fastq 2016-09-08

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認識できないオプション：I picard.jar

picard.jarを使用してBMAファイルをFASTQ形式に変換しようとしています。 ERROR: Unrecognized option: I 私は完全に混乱しています、任意の考え： java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_

bioinformatics fastq picard 2016-07-21

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fastqファイルの読み込みペアからのランダム読み出しの選択

サンプリングされたペアエンドfastqファイルからのランダムな選択に関する質問があります。私はこの方法に関するいくつかの話題を読んだが、誰も私の問題を解決することができなかった： 私は2つのfastqファイルR1.fastqとR2.fastqを得た。私が達成したいのは、これらのファイルを無作為にサンプリングすることです。サンプリングされた各ペアから、ランダムに1つの読み取りのみを選択します。私は今

bash bioinformatics fastq 2016-06-02

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Trimを多用してもFastQCが動作しないのはなぜですか？

私はFASTQファイルを持っており、ファイルを分析するためにFASTQCプログラムを実行することができます。 trim_galoreを使用すると、FASTQC（またはtrim_galoreのFASTQCオプション）はもう機能しません。 $ fastqc ./sub1_val_1.fq.gz これが出力されます。バージョンはtrim_galoreとFastQCの間で正しくないため Started

unix bioinformatics fasta fastq 2016-08-01

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ペアの終わりのfastqの読み取りをループする

どのようにペアの終わりのfastqファイルをループできますか？シングルエンドのためにあなたは私が1ペアエンドファイルを編集した場合、私は何とか2つのファイルが互いにとよく対応していきように、第2のファイルを追跡する必要がある、しかし次 library(ShortRead) strm <- FastqStreamer("./my.fastq.gz") repeat { fq <- y

r dna-sequence fastq 2017-02-17

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Fastqファイル形式を分析するために設計されたNanoporeツール？

私は最初のナノポアデータセットを受け取ったばかりで、fastqファイルが送られました。私はfast5ファイルを期待していましたが、今はデータのフィルタリングを開始する方法がわかりません。私が見つけたほとんどのツール（NanoOK、poretools）はfast5形式を扱いますが、fast5形式からfastq形式に変換する方法を提供していますが、ツールはfast5入力のみを使用します。 私はエラーを

stack-overflow fastq stack-smash 2017-07-21

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SeqIO.indexによって生成された辞書から項目を削除する

私はPython 2.6.6を使用していますが、fastqの読み取りを、file2で、file1で重複している（つまり一致しています）を削除しようとしています。ここで私が実装しようとしているコードは次のとおりです。 ref_reads = SeqIO.index("file1.fastq", "fastq") spk_reads = SeqIO.index("file2.fastq", "fas

python dictionary bioinformatics biopython fastq 2017-09-13

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