Pythonの2つの文字列間の特定のパターンを探しています - fastqファイル - シーケンシングの読み込み

Question

私は2つの特定の文字列間の文字列を探すのに役立つコードをPythonで記述しようとしています。単一の文字列でコードを実装すると、目的の出力が得られます。しかし、配列の配列にパターンをマッチさせる必要があります。それは私にエラーを投げつけ続けます。私は単一の文字列をしようとすると、

import re 
def find_between(prefix, suffix, text): 
pattern = r"{}\s*(.*)\s*{}".format(re.escape(prefix), re.escape(suffix)) 
result = re.search(pattern, text, re.DOTALL) 
if result: 
    return result.group(1) 
else: 
    return None 

、それは動作します：

text = "AGGTCCTGTAAACCT" 
prefix = "TCCT" 
suffix = "ACCT" 
find_between(prefix, suffix, text) 

出力：2人のユーザー指定された配列との間のパターンを探すために、関数を定義する

'GTAA'

しかし、私はfastqファイルを読み込んで検索を実装しようとすると、それはしません：

seqs = readFastq('FN1.fastq') 

text = seqs 
prefix = "TCCT" 
suffix = "ACCT" 
find_between(prefix, suffix, text) 

それは私がこの一見単純なケースでのマッチングのための正規表現を使用していないだろう

--------------------------------------------------------------------------- 
TypeError         Traceback (most recent call last) 
<ipython-input-26-9c35672e7561> in <module>() 
    2 prefix = "TCCT" 
    3 suffix = "ACCT" 
----> 4 find_between(prefix, suffix, text) 

<ipython-input-19-5f42599c717f> in find_between(prefix, suffix, text) 
    3 def find_between(prefix, suffix, text): 
    4  pattern = r"{}\s*(.*)\s*{}".format(re.escape(prefix),  re.escape(suffix)) 
----> 5  result = re.search(pattern, text, re.DOTALL) 
    6  if result: 
    7   return result.group(1) 

/Users/shravantikrishna/anaconda/lib/python3.6/re.py in search(pattern, string, flags) 
180  """Scan through string looking for a match to the pattern, returning 
181  a match object, or None if no match was found.""" 
--> 182  return _compile(pattern, flags).search(string) 
183 
184 def sub(pattern, repl, string, count=0, flags=0): 

TypeError: expected string or bytes-like object 

Answer 1

私は、このエラーがスローされます。接頭辞と接尾辞の間にテキストを見つけることに興味がある場合は、 result = text.lstrip（接頭辞[：2]）を使用できます。接頭辞と接尾辞を一致させる必要はありません。

ここではいくつかのサンプルコードとデータはテキスト変数は、おそらく文字列またはバイトではありません...

text = 'XXsome data that needs to be parsedXX' 
prefix = 'XXYY' 
suffix = 'XXYY' 
result = text.lstrip(prefix[:2]).rstrip(suffix[:2]) 
print(result) 

some data that needs to be parsed