dna-sequence

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私は翻訳機能で苦労しています：私は列の行列を持っていると私はなぜ翻訳機能を把握するために管理することはできませんでしょううまくいかない。ここでは私のスクリプトです： head(myseq) [,1]

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私は、スペクトルのみを与えられた1つのシーケンスにDNAフラグメントを組み立てるための遺伝的アルゴリズムを実装しようとしていました。私の唯一の演算子はEdge Recombinationであり、かなり良い結果を得るには十分だと私は確信していました。しかし、私は80％（最適スコアの％）を上回ることはできません。また、500個のフラグメントを持つインスタンスは2時間までかかることがあります（100回

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Python：あいまいな配列をスキップしながら明白なDNA配列の分子量を出力する

ファイル名（fastaファイル）を引数とし、配列を読み込み、明瞭な配列ごとに配列IDとその配列を出力する関数を書く必要があります。分子量。 fastaファイルには、あいまいなシーケンスとあいまいなシーケンスの両方が含まれています。これまでのところ、私はこれらの2つのコードを別々に単独で動作させています。私はfastaファイルのあいまいなシーケンスをスキップし、あいまいなシーケンスで分子量を計算す

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終了条件付きランダムRNA転写産物を生成する

ランダムRNA転写物を生成するプログラムを作成しようとしています。すべての4つのRNAヌクレオチドは等しい確率であり、各配列は開始コドンで始まり、停止コドンが導入されたときに終了します。それはシーケンスとPythonがエラーを提示されていません生成されません import random def random_rna(): rna = 'AUG' stop_codon =

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文字列内の有効な文字

文字列が与えられ、無効な文字が1つ以上ある場合はFalseを返す必要があります。注意点は、組み込み関数とstr操作（たとえば、in、+、indexing、len）と再帰のみが可能なことです。私は、これまで機能していない持っているもの： def is_valid_sequence(dna): """ (str) -> bool Return True if and only if the DN

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固定されたgc含量を有するランダムRNA配列の平均転写物長を計算する

固定されたgc含量（10％、20％、30％、...、90％）を有するランダムRNA配列の平均転写物長を計算しようとする def bias_rna(gc_content): rna = 'AUG' stop_codon = ['UAG','UAA','UGA'] while rna[-3:] not in stop_codon: for _ in range

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部分文字列からの要素を合計して2の累乗に戻した後に

関数があるとします。関数はパラメータとして文字列を受け取ります。この関数はクラス関数の1つです。文字列を受け取った後、部分文字列に基づいていくつかの変数を計算します。プロセスの1つの部分では、私はキー：値のペアを辞書に追加する必要があります。これらの値は、前述の文字列のいくつかの部分から計算する必要がありますが、charの後に続く（intへの変換後）特定の2のべき乗にする必要があります。累乗

4熱

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DNA配列内のすべての繰り返し4量体検索 - 私は、複数のDNA配列を含むFASTA形式のファイルを読み込んでプログラムを書いてみるPerlの

こんにちは、を、すべての繰り返し4量体（すなわち、すべてを識別4マーを複数回出現させる）を繰り返し、4マーとそれが見出された配列のヘッダーをプリントアウトする。 k-merは、単にkヌクレオチドの配列である（例えば、「aaca」、「gacg」および「tttt」は4量体である）。私は2つの要求を持っている use strict; use warnings; my $count = -1;

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3答えて

ユーザー入力文字列に大文字と小文字しか含まれていないか確認する（JavaScript）

ヌクレオチドのシーケンスを対応するアミノ酸に変換するクロムエクステンションを作成していますが、ユーザー入力の検証に問題があります。最終的に、ユーザーが大文字または小文字（数字、特殊文字、スペースなどなし）のみを入力していることを確認する必要があります。許容できない文字が見つかった場合は、無効な入力をユーザーに警告します。それ以外の場合、プログラムは正常に進み、エラー/アラートはスローされません。

0熱

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2つのシーケンスを比較します

私はPython 3を学ぶのに本当に苦労していますが、今私はこの1つのエクササイズに苦労しています。 DNA配列である 1）文字列：は、私は2つの引数を取る関数を記述する必要があります。 2）引数と同じ長さ（また、DNA配列）関数はフロート（2つのDNA配列において同一である塩基の割合を返さなければならないの列）。だから、私はこのような何かを返す関数を記述する必要があります知っている： se