認識できないオプション：I picard.jar

Question

picard.jarを使用してBMAファイルをFASTQ形式に変換しようとしています。

ERROR: Unrecognized option: I

私は完全に混乱しています、任意の考え：

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ I=chr2chr3.bam \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq 

は、しかし、私は、このエラーメッセージが表示されました：これは私のコマンドですか？

Answer 1

は

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq I=chr2chr3.bam FASTQ=chr2chr3.f1.fastq SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq 

バックスラッシュを削除注記：

• あなたがBAM

  の小さなエラーを無視し、fastqsを圧縮することができますjava -jar/opt/picard-tools SamToFastq /picard.jar Iバイオインフォマティクスの質問について= chr2chr3.bam FASTQ = chr2chr3.f1.fastq.gz SECOND_END_FASTQ = chr2chr3.f2.fastq.gz VALIDATION_STRINGENCY =寛大

• 、あなたはより良いhttps://www.biostars.org/かhttp://seqanswers.com/forums/search.php?do=getnew

をお願いしたいです

Answer 2

で試してみてください：

java -jar /opt/picard-tools/picard.jar SamToFastq \ 'I=chr2chr3.bam' \ FASTQ=chr2chr3.f1.fastq \ SECOND_END_FASTQ=chr2chr3.f2.fastq