phylogeny

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標識種分析の結果に従って、系統樹の先端標識（種識別に似ています）を着色したいと思います。このように、 'H' =赤、 'L' =緑、 'O' =緑（ 'na' =緑色）のように、データ列「インジケータ」に基づいて色分けしたいと考えています（再現性のあるデータを参照してください）黒）。私は現在、次のコードを使用しています：何かアドバイスを事前に感謝： cols = ifelse(LU != "O

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遅いタスクをループ内でスキップするR

Rでシミュレーションを実行しようとしていますが、ここでは系統樹をたくさん作っています。ツリーシミュレーションは、実行時間が非常に変動し、時には0.005秒、場合によっては数分であるため、少し問題になります。遅いツリーを避けたいので、evalWithTimeoutを使用してスキップします。これまでのところ、私は問題を抱えています。なぜなら、ループを強制終了することなく、遅いタスクを殺すことができない

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r - phyloseq - 種以外の分類群（家族、秩序など）

私はphyloseqのチュートリアルを見直しましたが、特定の分類群のストレスレベルを決定し、種より）、例えば家族や他の分類。これはデフォルトのGlobalPatternsデータはを設定し使用して家族の分類群のみ GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"] GPotu <- otu_table(GP) GPsd <- sample_data(GP) GPpt

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2つの行列の変化を比較する

私はRでいくつかの生物地理学的解析を行い、その結果は行列のペアとしてコード化されています。列は地理的領域を表し、行は系統樹のノードを表し、行列の値は列によって示される地理的領域で分岐イベントが発生する確率である。非常に簡単な例は次のようになります。この場合 > One_node<-matrix(c(0,0.8,0.2,0), + nrow=1, ncol=4, + dimnames

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クラスタ上でMrBayesを実行しましたが、.con.treファイルが見つかりませんでしたか？

私は系統発生について新しいものです。現在私は101種のmtDNA全体を持つクラスタ上でMrBayesを実行しました。系統発生分析は別々に2回、3回目のコドン位置で1回、1回はなかった。両方の分析のためのInvGAMMAモード。奇妙なことに、私は ".con.tre"ファイルを3番目のコドン位置入力ファイルで得ることができますが、3番目以外のコドン位置入力ファイルではできません。 v分析を2回実

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系統発生ファンの先端にifelse関数を適用する

系統発生系のファンでは、if文を適用してヒント（この例では62種に似ています）を色分けしたいと思います。現時点では ColourIf = ifelse(LU != "O", "blue", "darkgreen") tiff("PhyloFan.tif", height=10, width=10, units="in", res=300, compression="lzw"); plot.p

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Mac OSXでRの生の形態データからNewickツリーフォーマットを作成する方法

Rの歴史言語学のための系統学を行う方法を自分自身で教えようとしています。公開データセット（https://www.cs.rice.edu/~nakhleh/CPHL/IEDATA_112603）が見つかりました。そこからNewickフォーマットのツリーを取得して、次の指示に従って視覚化することができます：https://www.r-phylo.org/wiki/HowTo/InputtingTre

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ggtreeプロット領域が十分に大きくない

私は、ブートストラップ標識ノードとユーザ定義/有色チップラベルで循環系統樹をプロットしようとしています。ブートストラップの結果とラベルが正しく動作するようにしましたが、どういうわけか私のグラフィックデバイスにプロットを完全に描画できませんでした。円形の葉の中心から離れて放射されたラベルは、自分自身の一部が欠けていた。唯一の方法は、チップのラベルサイズを非常に小さく設定することでした。距離行列とブ

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系統発生相関試験

個体間の系統間相関構造を説明する2つの変数間の相関テスト（r、tおよびp.valueを返す）を行う必要があります。 Rでそれを行う簡単な方法はありますか？ apeパッケージ、特に?ape::pic（「系統発生学的に独立したコントラスト」）から

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系統発生の祖先状態の再構成における色の指定

私は祖先状態の再構成解析に使われる色を指定しようとしているので、他のグラフで同じ色を同じデータに使うことができます。しかし、私がnodelabelsを原型から使用した場合、私が指定した色は表示されているものと一直線に並ばない。誰がなぜこれが分かっていますか？それを回避する方法は？色のほとんどはOK並ぶが、Eがどの（紫として表示されますが、コード番号のFF7F00を持っている：イメージを与える r