Biopythonを使用してfastaファイルのDNA配列を変更する

Question

私はいくつかのDNA配列を持つfastaフォーマットのファイルを持っています。私は、同じシーケンスIDを維持しながら、別の小さいシーケンスの各シーケンスの内容を変更したい。 新しいシーケンスがリストにあります。

with open("outfile.fa", "w") as f: 
    for seq_record in SeqIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta"): 
     for i in range(len(newSequences_ok)): 
      f.write(str(seq_record.id[i]) + "\n") 
      f.write(str(newSequences_ok[i]) + "\n") 

しかし、私は得る：

IndexError: string index out of range 

は、どのように私はそれが動作するようにコードを変更することができますか？問題は、元のfastaファイルと新しいシーケンスのリストの両方を反復する必要があることだと思います。

オリジナルのFASTAファイルは次のようになります。私が取得したい出力がある

newSequences_ok=[ATGG,TTTC,GGTA,CTCG] 

：

>Sequence1 
ATGATGCATGG 
>Sequence2 
TTTTGGGAATC 
>Sequence3 
GGGCTAACTAC 
>Sequence4 
ATCTCAGGAA 

また、新しい配列とリストこの1に似ている

>Sequence1 
ATGG 
>Sequence2 
TTTC 
>Sequence3 
GGTA 
>Sequence4 
CTCG 

Answer 1

これはかもしれないと思います作品：

records = SeqIO.parse("ma-all-mito.fa", "fasta") 
with open("outfile.fa", "w") as f: 
    for r, s in zip(records,newSequences_ok): 
     f.write(r.seq.seq.split('\n')[0] + '\n') 
     f.write(s + '\n') 

ていない場合は（とそれがない場合でも） - あなたが本当にどのようにBiopython作品をよく読んでする必要があります。あなたはSeqIO.parseを直接ファイルの行を返すものとして扱っていました。その代わりに、オブジェクトを返すseq属性を持つオブジェクトをSeqRecordとして返します。オブジェクトにはseq属性（これはあなたの望むもの）とalphabet属性の2つの属性があります。あなたはそれを変更しようとする前に、あなたが興味を持っている情報を抽出することに集中する必要があります。