は、fastaファイルをpythonスクリプトを使用してタブ区切りファイルに変換します。

Question

私は現在、Pythonでスクリプトを書く方法を学んでいます。私は次のような運動をしています。任意の（？line.strip（）を使用して）

>header 1 AATCTGTGTGATATATATAAT 
>header 2 AATCCTCT 

私はホワイトスペースを取り除くいくつかの困難が生じています。この中

>header 1 
AATCTGTGTGATAT 
ATATA 
AT 
>header 2 
AATCCTCT 

：私は、次の形式でFASTAファイルを変換する必要があり助けが非常に高く評価されるでしょう...

Answer 1

これは>文字に基づいて新しい文字列を作成し、文字列を次の>まで結合します。その後、実行中のリストに追加されます。

# open file and iterate through the lines, composing each single line as we go 
out_lines = [] 
temp_line = '' 
with open('path/to/file','r') as fp: 
    for line in fp: 
     if line.startswith('>'): 
      out_lines.append(temp_line) 
      temp_line = line.strip() + '\t' 
     else: 
      temp_line += line.strip() 

with open('path/to/new_file', 'w') as fp_out: 
    fp_out.write('\n'.join(out_lines))