カウントマトリックスから隣接行列を得る方法

Question

私は、負でない値とy_1、...、y_pという名前の列だけを持つnxp非常に疎なカウント行列を持っています。 （n = 200万、p = 70）

Rを使って、y_iとy_jが同じ行に0以外の値を持つ回数を数える行列に変換します。

例：

ID a b c d e 
1 1 0 1 0 0 
2 0 1 1 0 0 
3 0 0 1 1 0 
4 1 1 0 0 0 

と私は取得したい：

- a b c d e 
a 2 1 1 0 0 
b 1 2 1 0 0 
c 1 1 3 1 0 
d 0 0 1 1 0 
e 0 0 0 0 0 

Answer 1

これは、単純な行列乗算です。

t(m) %*% m 
    a b c d e 
a 2 1 1 0 0 
b 1 2 1 0 0 
c 1 1 3 1 0 
d 0 0 1 1 0 
e 0 0 0 0 0 

このデータを使用して：

m = read.table(text = "ID a b c d e 
1 1 0 1 0 0 
2 0 1 1 0 0 
3 0 0 1 1 0 
4 1 1 0 0 0", header = T) 
m = as.matrix(m[, -1]) 

をこれは、元の行列のみが1と0であることに依存しています。私のラップトップ上で

library(Matrix) 
nr = 2e6 
nc = 70 
mm = Matrix(0, nrow = nr, ncol = nc, sparse = T) 

# make, on average, three 1s per row 
set.seed(47) 
mm[cbind(sample(nr, size = 3 * nr, replace = T), sample(nc, size = 3 * nr, replace = T))] = 1 

system.time({res = t(mm) %*% mm}) 
    # user system elapsed 
    # 0.836 0.057 0.895 
format(object.size(res), units = "Mb") 
[1] "0.1 Mb 

を計算は秒未満を取り、結果はおよそ次のとおりです。そうでない場合は、あなたが記述のようにここでは、行列に取り組んでいますm = original_matrix > 0

---

でそれを作成することができます0.1Mb。