RCyjs隣接行列の列からノードラベルを指定する

Question

ユーザーがウェブサイトにデータをアップロードし、このデータからCytoscape（RCyjs）グラフを返すインタラクティブなアプリケーションを作成する予定です。私はグラフのノードが読み取られているデータの列に従ってラベル付けされることをユーザーに指定します....

たとえば、ユーザーがテキストをアップロードするときに私のアプリケーションをRCyjsで実装したいデータを含むファイルIは、隣接行列を作成し、次のコードのようなものを使用することができます。

> data<-read.table("text_file_containing_data.txt", sep="\t") 
> p1<-cor(data[1:20,1:20], use="p") #correlations taken from sample of 
> library(graph) 
> library(RCyjs) 
> library(igraph) 
> rcy<-RCyjs(portRange=9047:9057, quiet=TRUE, graph=igraph.to.graphNEL(simplify(graph_from_adjacency_matrix(p1, weighted=T)))) 

それでは、私は疑問に思って、私は、出力は次のように見てもらうことができる方法である。

コマーシャルはありますか？ RCyjsコマンドでは、ノード名をデータセットのパラメータで指定することができます。列名は？ RCyjsのマニュアルでは、のnode.attribute.nameとのノードなどの引数をRCyjsコマンドで指定することができます。私は上記のコマンドの出力をチェックすると

for (i in colnames(p1)){ 
     nodeDataDefaults(g, "label") <- colnames(p1)[i] 
     } 
    setNodeLabelRule(rcy, "label") 
    redraw(rcy) 

しかし、このグラフに違いはありません

、私が取得：

noa(g, "label") 
    6450255 2570615 6370619 2600039 2650615 5340672 2000519 3870044 7050209 1580181 5220554 5390438 
    NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA 
    6420681 4760377 2370438 4050154 1740066 4830092 3610072 6480136 
    NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA  NA 

だから多分私はI上記のコマンドで何かを逃しました最初にグラフのパッケージにラベルを貼っておくべきですが、私はそれを働かせるようには見えません.....

私も次のように試しました：

nodes<-getNodes(rcy) 
    setNodeLabelRule(rcy, for(i in nodes[,1]){ 
     i 
     } 
    ) 

が、私はそれを希望としてグラフにラベルはありません...

これはなぜ疑問に思う....

Answer 1

RCyjsパッケージに付属ビネットでこれらの線を見つけることができます（例3、低酸素誘導を見てください）：

RCyjs package vignette

割り当てノードデータは、最初にデフォルトを設定した後、明示的にgraphNELに属性：

nodeDataDefaults(g, attr="label") <- "default node label" 
nodeData (g, all.nodes, "label") = all.nodes 

あなたは私が言うことができる最善のように第二のステップをスキップ。 フルシーケンスは次のようになります。

all.nodes <- colnames(p1) 
g <- new("graphNEL", edgemode = "directed") 
g <- addNode(all.nodes, g) 
nodeDataDefaults(g, attr="label") <- "" # initialize 
    # vector assignment of labels 
nodeData(g, all.nodes, attr="label") <- all.nodes 

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