r隣接リストから隣接行列またはエッジリストを作成する

Question

私は隣接リストを持っており、それを隣接行列またはエッジリストに入れようとしています。これは、隣接行列またはエッジリストから構築されたネットワーク上でネットワーク解析を行うためです。私はR: Adjacency list to Adjacency matrixを使用してみました

[17,50,90,NA,NA; 
80,67,NA,NA,NA; 
33,31,32, NA,NA; 
33,31,32,NA,NA; 
354,56,87,97,32; 
....] 

が、これだけ作品私の隣接リスト場合：私は（各行がエントリの異なる量を持ち、空のエントリはNAです）、次のように隣接リストの例があるR. を使用しています2つのエントリを有する（すなわち、1つのグループ内に3つ以上の隣人が存在する）。私はエッジリストを取得しますが、私のリストの最初の2つのエントリだけを考慮に入れます。

IはまたFrom list to adjacency matrixを用いるがエラーにつながっigraphとmake_graph(unlist(mydata))を使用してみました："At type_indexededgelist.c:117 : cannot create empty graph with negative number of vertices, Invalid value"

エントリ31,32にある場合、Iのような（アカウントにネットワークであろう重みをとる隣接行列を必要とします2つの行、そのエッジの重みは2となります）。 ありがとうございました。

Answer 1

I have an adjacency list and I am trying to make it into an[...] edge list.

たぶん、あなたは/あなたの "隣接リストは、" 何を表すか必要なものに応じて、

e <- apply(lst, 1, function(x)x[!is.na(x)]) 
(e <- do.call(rbind, lapply(e, embed, 2))[,2:1]) 
#  [,1] [,2] 
# [1,] 17 50 
# [2,] 50 90 
# [3,] 80 67 
# [4,] 33 31 
# [5,] 31 32 
# [6,] 33 31 
# [7,] 31 32 
# [8,] 354 56 
# [9,] 56 87 
# [10,] 87 97 
# [11,] 97 32 

lst <- read.csv(header=F, comment.char=";", colClasses="integer", text=" 
17,50,90,NA,NA; 
80,67,NA,NA,NA; 
33,31,32,NA,NA; 
33,31,32,NA,NA; 
354,56,87,97,32;") 
m <- as.matrix(lst) 
e <- stack(split(m, row(m)))[,2:1] 
(e <- e[complete.cases(e),]) 
# 1 1  17 
# 2 1  50 
# 3 1  90 
# 6 2  80 
# 7 2  67 
# 11 3  33 
# 12 3  31 
# 13 3  32 
# 16 4  33 
# 17 4  31 
# 18 4  32 
# 21 5 354 
# 22 5  56 
# 23 5  87 
# 24 5  97 
# 25 5  32 

または

を行うことができます。