Rshinyでプロットされた点とテキスト

Question

私は、Rshinyとプロットして、テキストラベル付きの散布図を作成しています。以下は、再現性の例である：

library(ggplot2) 
library(plotly) 
dat <- data.frame(LongExpressionValue = rnorm(1:100), 
        LongMethylationValue = rnorm(1:100), 
        LongCopyNumberValue = rnorm(1:100)) 

rownames(dat) <- paste0('n',seq(1:100)) 

# ggplot 
p <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y = LongMethylationValue)) + 
    geom_point(size = 2) + geom_smooth(method = lm) + 
    geom_text(aes(label = rownames(dat)), vjust=-1.5, size = 3) 

# ggplotly 
ggplotly(p) 

これは、のようなプロット作成します。

をラベルが上記表示され、ポイントを重複しないように、どのように私は私のgeom_textオプションを調整できますか？私はggplotコードをアプリケーション間で使用するために保持したいと思います。

ありがとうございます！

Answer 1

はこれを試してください：あなたがソースに直接行くことができるとき

plot_ly(data = dat, 
     x = LongExpressionValue, 
     y = LongMethylationValue, 
     text = rownames(dat), 
     marker = list(size = 10), 
     mode = "markers+text", 
     textposition = 'top center') 

それはggplot2で働きすぎ価値はありません。これは非常に貴重です：plot_lyまたはlayoutでhttps://plot.ly/r/reference/

すべてはリストのリストであるので、あなたは簡単にパラメータを設定することができます（予告marker = list(size = 10)）

EDIT：hoverinfo +テキストのパワーを示すやや複雑1一緒：

plot_ly(data = dat, 
     x = LongExpressionValue, 
     y = LongMethylationValue, 
     text = paste0(rownames(dat), 
         '<br>A:', 1:nrow(dat), #Examples of additional text 
         '<br>B:', sample(nrow(dat))), #Examples of additional text 
     hoverinfo = 'text+x+y', 
     marker = list(size = 10), 
     mode = "markers+text", 
     hoverinfo = 'text', 
     textposition = 'top right') 

Answer 2

あなたはggplot2に固執し、あなたの滑らかなラインを維持したい場合は、あなたが少しあなたのポイントのサイズを大きくし、各ポイントの内側にあなたのラベルを追加することができます。

p <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y = LongMethylationValue)) + 
    geom_point(size = 7) + geom_smooth(method = lm) + 
    geom_text(aes(label = rownames(dat)), size = 2, color="white") 

# ggplotly 
ggplotly(p) 

Answer 3

あなたがplotly_buildリストにtextposition要素を追加する必要がggplot2に滞在したい場合。 hjustおよびvjustオプションが設定されていても、元のplotly_buildにはtextpositionがありません。

だから、これは動作します：

#devtools::install_github("ropensci/plotly") # if not already done 
library(ggplot2) 
library(plotly) 
dat <- data.frame(LongExpressionValue = rnorm(1:100), 
       LongMethylationValue = rnorm(1:100), 
       LongCopyNumberValue = rnorm(1:100)) 

rownames(dat) <- paste0('n',seq(1:100)) 

gg <- ggplot(data = dat, aes(x = LongExpressionValue, y =LongMethylationValue)) + 
geom_point(size = 1) + 
geom_smooth(method = lm) + 
geom_text(aes(label = rownames(dat)), size = 3) 

p <- plotly_build(gg) 

length<-length(p$x$data) 
invisible(lapply(1:length, function(x) p$x$data[[x]]<<-c(p$x$data[[x]], textposition ='top center'))) 

p