vmd

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VMDでは、描画メソッドCPKを使用してすべての新しいファイルをロードします。これはいくつかの技術的な理由から、.vmdrcファイルのオプションではないようです。私はスクリプトを作成できるように、VMDのコマンドラインからどうすればいいですか？または、この他の解決策/回避策/ハックがありますか？

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Mac OS Xのコマンドライン引数でvmdがfilenameで開かない

最近LinuxからMac OSに移行しました。私はこの新しいマシンにvmdをインストールしました。 VMDは、私は次のように入力するときだけで任意の分子なしでロード： vmd protein.gro これを* .groファイルには、タンパク質分子が含まれています。私はこのファイルをLinuxのように開きたいと思っています： *applicationname filename* しかし、それ

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MD軌道上の放射密度分布

私は水の箱にミセルの分子動力学の軌道を持っています。各フレームについて、ミセルの重心（COM）を求め、COMからウォーターボックスの側面までの水分子の密度を計算したいと考えています。誰かがそれを行うための最善の方法を知っていますか？誰かがこのような問題を以前に処理したかどうか疑問に思っていました。おかげ Sadegh