MD軌道上の放射密度分布

Question

私は水の箱にミセルの分子動力学の軌道を持っています。各フレームについて、ミセルの重心（COM）を求め、COMからウォーターボックスの側面までの水分子の密度を計算したいと考えています。誰かがそれを行うための最善の方法を知っていますか？誰かがこのような問題を以前に処理したかどうか疑問に思っていました。

おかげ Sadegh

Answer 1

まず - 便利なコマンドの多くとその使用方法はhereに書かれています。

あなたはタイプによって選択するよりも、あなたの脂質を（私はリン脂質から構築されたミセルを想定）を選択する必要があり

- 脂質：

set sel1 [atomselect top resname DPC] 

そしてより：

center_of_mass $sel1 

set sel1 [atomselect top "lipids"] 

またはresnameはによって

水分子の密度を計算するCOMから 水ボックス

の両側にSは私はあなたが話している内容を正確に把握していない - ミセル内のいくつかの水の分子があるのですか？または水槽はミセルから一定の距離内の水分子ですか？いくつかの情報を提供してください（説明のあるシステムの方がいいです）。