qsub

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    作業用のbashスクリプトをSGEスクリプトに編集して、クラスターにジョブとして送信しようとしています。 現在、私が持っている: #!/bin/bash # Perform fastqc on files in a specified directory. for ((j=1; j <=17; j++)) do directory=/data4/una/batch"$j"/

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    qsubシステムでユーザー(me)に割り当てられるノードの数を確認する方法はありますか? また、プロセスが実際に使用しているノード/コアの数を確認するにはどうすればよいですか?

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    Sun Grid Engineキューイングシステムを使用しています。 は、私がどのように見えるのスクリプトを使用して複数のジョブを提出したと仮定します #! /bin/bash for i in 1 2 3 4 5 do sh qsub.sh python run.py ${i} done qsub.shは、次のようになります。5つのジョブが実行されていると仮定すると #! /

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    pbsジョブから実行するPythonスクリプトを呼び出すにはどうすればよいですか? いくつかの詳細は:私は現在、(この部分は完璧に動作し、変更すべきではありません)以下の形状のPBSファイルで働いています : #!/bin/bash #PBS -N # work name #PBS -q #PBS -l #PBS -S /bin/bash #PBS -m ##PBS -M #my em

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    フィールドがセミコロンで区切られた複数の行を含む "test.txt"というテキストファイルがあります。フィールド3の値を取ろうとしていますが、フィールド内の数値以外のすべてを除外します>前の行のフィールド3の値と比較します>値が一意の場合は、フィールド3の値とその差をリダイレクトします最後の値は "differences.txt"というファイルに保存されます。 はこれまでのところ、私は次のコード

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    マルチノード(2)でqsubジョブを実行し、GNUパラレルを使用してPPNを20回実行しようとしていますが、エラーが表示されます。 #!/bin/bash #PBS -l nodes=2:ppn=20 #PBS -l walltime=02:00:00 #PBS -N down cd $PBS_O_WORKDIR module load gnu-parallel for cdr i

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    PBS高性能コンピュータジョブスケジューラを使用して2つの計算ジョブを連結しようとしています。次のように私のスクリプトは、次のとおりです。スクリプト1.pbsが配列であるので #!/bin/bash #PBS -N 2 #PBS -q thin #PBS -l walltime=0:03:00 #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -j oe cd $PBS_O

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    Sun Grid Engineを使用して、サブミットスクリプトqsub内のマスターノードでコマンドを実行する方法はありますか? qsubスクリプト内から/bin/hostnameを実行した場合、私はすでにマスターノードではなくキューコンピュータの1台にいます。要するに、私はちょうど私がちょうど自動的に提出した仕事にqstatを実行したいです。 qstatをワーカーノードの1つとして実行しようとする

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    Torqueに慣れていたので、Sun SGEの専門家が助けてくれることを願っています。私の仕事がなぜ終わるのか、私は3時間ほど伝えることができないのか分かりません。ジョブは、ROCKS 6.2の新規インストール時に競合なしで空のキューに提出されています。 3時間未満のジョブは問題ありません。 はここでサーバーの設定(と思う) [[email protected]]$ qconf -ssconf

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    クラスタで並列ジョブを実行しようとしていますが、毎回エラーが発生します。「共有ライブラリのロード中にエラーが発生します:liblammps.so:共有オブジェクトファイルを開くことができません:いいえそのようなファイルまたはディレクトリ "と呼びます。私はライブラリパスを別名「export LD_LIBRARY_PATH =/path/to/library」にエクスポートする必要があることを知って