genome

0熱

1答えて

プロジェクトをSwift 3に移行していて、RealmSwift（2.6.1）とGenome（3.2.0）で問題が発生しました。しかし、それはRealmSwiftに加えてレルムをインポートする必要があり、私のクラスが初期化されるとき、代わりのRLMRealmを使用しようとしている required convenience init(realm: RLMRealm, schema: RLMObjec

-3熱

1答えて

私はSparkBWAを実行できません

私はゲノミクスの入札データツールの学習の初心者で、何が問題なのかわかりませんこのリンクのコマンドとエラーの詳細（これは長すぎますのでコピーできませんでしたここで） https://egyptscholars-my.sharepoint.com/personal/asmaa_ali_egyptscholars_org/_layouts/15/guestaccess.aspx?guestaccess

-1熱

2答えて

キメラ配列の検出に利用できるオープンソースツールはありますか？

USearch以外の16s、WGS、WTS配列からキメラ配列を検出および除去するためのツールはありますか？代替手段は商業目的で使用できるようにオープンソースでなければなりません。

0熱

1答えて

Plinkで個人を抽出する。エラー：--keepファイルの1行目が予想より少ないトークンを持っています

1000ゲノムプロジェクトの2504人のファイルがあり、人口別にフィルタリングしたいのですが。私は第一集団（ACB）のために、以下のなかった： plink --file all1000gen --keep indACB.txt --make-bed --out all1000genACB が、それは次のエラーバックできます： head indACB.txt HG01879 HG01880

3熱

1答えて

bowtie2の実行中にbreseqにエラーが発生しました

最近、breseqを使用していくつかの細菌のシーケンシングデータを分析しようとしました。しかし、breseqがbowtie2を使用して生データを参照ゲノムに整列させると、私は致命的なエラーを受けました。ここでは、私が得たエラーの重要な部分である： +++ NOW PROCESSING Read alignment to reference genome [system] bowtie2-buil

2熱

2答えて

ゲノムファイル全体から1つの周波数行列を計算するには？

私は単純に、このようなパターンを含むHUGEファイル内の単一ヌクレオチド頻度（A、T、C、G）を計算しようとしています：TTTGTATAAGAAAAAATAGG。私のようなファイル全体の出力の1行与えるだろう：ここ The single nucleotide frequency matrix of T.volcanium Genome is: {'A': [234235], 'C': [2342

1熱

1答えて

plinkでmachフォーマットされ、帰属されたgenotyes（ENIGMA）を処理する方法

ENIGMAプロトコルを使用して帰属された投与量形式のSNPの遺伝子型を受け取りました。私はplink --dosage [...] --fam [...]使用してこのデータを分析したい（私は右の構文であると信じています。）各染色体については、私はこれらのファイルの % tar -tf chromosome.21.tar chunk1-ready4mach.21.imputed.dose.gz

0熱

2答えて

MySQLの平均値の反復

私はMySQLでゲノムデータベースを作成しています。各遺伝子の平均転写量（各表のエントリー）を取る必要があります。同じ遺伝子は同じ番号を持つ）。たとえば： transcript_nameのCHRエンドエクソンが、私はこのコードを試してみたが、働いていなかったをgene_name開始： mysql> SELECT Avg(COUNT(*) FROM refGeneshg GROUP BY nam

0熱

3答えて

大規模なバイオフォーマットファイルを、非同期にアクセスできるデータベースのようなファイルに変換する方法JavaScript

長所！生物学的データをキャンバスチャートにレンダリングする視覚化プロジェクトがあります。キャンバスを生成するのに、jgv.js（doc API）というjavascritpフレームワークを使用しています。コード内トラックの <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>IGV Da

0熱

2答えて

mysqliからテーブルの各エントリへのハイパーリンクを追加

mysqliデータで生成されたテーブルの各遺伝子のゲノム領域への直接リンクを追加しようとしていますが、方法を理解することはできません。アイデアは、すべての遺伝子名にゲノムブラウザ上のハイパーリンクがあるということです。問題は、ユーザーが選択した遺伝子に応じて各遺伝子のリンクを動的に生成する必要があるときに発生します。私はこれを試してみた： echo '<td><a href="http://g