fasta

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    PythonのFASTAからBlastデータベースを作成する

    どうすればいいですか？私はBiopythonを使い、すでにマニュアルを見ました。もちろん、私はスタンドアロンのNCBI BLAST +で "makeblastdb"を使ってFASTAからblastdbを作ることができますが、私は一つのプログラムで全面的に処理したいと思っています。 2つの解決策が考えられます。 このジョブを実行する関数を検索します。 私はこれを見つけることができません。私は一日中過
    python biopython fasta blast 2012-02-18

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    モチーフのFASTAファイルを検索し、モチーフを含む各シーケンスのタイトル行を返す

    以下は、ユーザ提供のモチーフのコマンドラインで入力したFASTAファイルを検索するためのコードです。私がそれを実行し、私が知っているモチーフを入力すると、それは「Motif not found」を返します。私はPerlの唯一の初心者ですが、タイトルラインを返すことなく、見つけたモチーフを印刷する方法を見つけ出すことはできません。私はこれを解決するための任意の助けに感謝します。 ありがとうございまし
    perl bioinformatics fasta 2010-12-01

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    複数のfastaシーケンスの翻訳方法は？

    私は翻訳する必要がある複数の配列を持つFASTAファイルを持っています（cDNAで開始コドンを検索する必要はありません）。私はそれを少しきれいにしてシーケンスだけをプリントアウトすることができますが、タンパク質配列に翻訳するようにはできません（私はBioPythonを使いたくありません）。どんなアドバイスも大歓迎です。 #Open the file for reading FASTA=open(
    bioinformatics fasta 2016-03-29

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    ファイルの末尾にファイル名を追加する

    私は多くのファイルを持っていて、ファイルの名前を行末に追加したい（ヘッダー行）。私はsedによって1 by 1を行う方法を知っていますが、多くのファイルに対してより良い解決策を探しています。 File1.txt >1_File1 ACGTA File2.txt >2_File2 GTCA をこれはOSXでのsed使用して、単一のファイルのために動作します： sed -i.bak '
    python bash perl sed fasta 2016-03-31

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    Rパッケージseqinrを使ってfastaファイルを書いていますか？

    私はseqinrでwrite.fastaを使用する場合、それは出力ファイルは次のようになります。つまり >Sequence name 1 >Sequence name 2 >Sequence name 3 ...etc Sequence 1 Sequence 2 Sequence 3 ...etc 、シーケンス名は、ファイルの先頭にすべてあり、その後、シーケンスが一緒に出力されま
    r fasta 2012-08-06

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    ファイルクラッシュから読み込み中にreallocを使ってバッファを展開する

    私はコード（一部に含まれています）の一部がfastaパーサーであるように、fasta filesを読み出す必要のあるコードを書いています。単一のシーケンスはfasta形式の複数の行にまたがることができるので、ファイルから読み込んだ複数の連続する行を連結して単一の文字列にする必要があります。これは、各行を読み込んだ後に文字列バッファをrealloc'ingすることで、シーケンスの現在の長さと読み込ま
    c realloc fasta 2012-01-23

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    アミノ酸の操作

    私は生物中に何千ものタンパク質を含むファイルを扱っています。私は個々のタンパク質をひとつずつ調べてアミノ酸の頻度を決定するコードを持っています。一度にすべてのアミノ酸の頻度を決定できるように私の現在のコードを変更する方法がありますか？
    fasta 2016-04-12

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    ヌクレオチドデータを抽出してTabDelimitedファイルに書き込むための.fastaシーケンスを読む

    私が続行する前に、私はこれまでの私の以前の問題に読者を紹介したいと思っていました。 これらは年代順に、過去数日間の私の記事だった： How do I average column values from a tab-separated data...（解決） Why do I see no computed results in my output file?（解決）今 Using a .fast
    perl bioinformatics base sequences fasta 2012-03-17

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    配列の要素を新しい配列のより少ない要素に選択的に結合する

    .fasta形式のDNA配列データの配列を操作する際に問題があります。私が特にやりたいことは、数千のシーケンスと、ファイル内の各シーケンスのシーケンスデータをファイルの1行に隣接させたファイルを取ることです。 [Fastaフォーマットはそのようなものです：シーケンスIDは>で始まり、その行のすべてが説明です。次の行には、このIDに対応するシーケンスが存在します。そして、これは、次の行が>で始まる次
    perl sequence bioinformatics fasta bioperl 2012-05-10

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    BLAST出力からギャップのない配列を得るには？

    FASTTA形式のBLAST出力からungapped sequenceを得ることに興味があります。私はhsps_no_gapを使うことができると思ったが、うまくいかなかった。これを行うために私が使用できる方法はありますか？
    python biopython fasta blast 2011-09-15
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