dendrogram

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教育的な例として、海洋生物学コースのための簡単な系統樹を作りたいと思う。 Iは、樹状図（クラスター分析）を取得し、第一の切断点としてドメインを使用したい Group <- c("Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Benthos","Zooplankton","Zooplankton","Zooplankton","Zooplankt

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はndarray ete2パッケージに使用するためにNewickの文字列にhclusterによって生成された変換

私が実行して作成されたベクトルのリストを持っている：document_list私は分析していたウェブ文書のコレクションがある import hcluster import numpy as np from ete2 import Tree vecs = [np.array(i) for i in document_list] 。私は、階層クラスタリングを実行します。 [[ 12.

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dendrogramをテーブルとしてエクスポートするR

Rからデータテーブルにhclust-dendrogramをエクスポートして、別の（自家製の）ソフトウェアにインポートしたいと思っています。 str(unclass(fit))は樹状図のテキストの概要を提供しますが、私が探しているのは実際には数値表です。私はBioconductorのctcパッケージを見てきましたが、それが生成している出力はやや暗に見えます。私はこのテーブルに似たものを持っています：

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デンドログラムの例の端にラベルを付けるには？

Dendrogramの例（source）のようなツリーダイアグラムが与えられていると、どのようにエッジにラベルを貼り付けますか？エッジを描画するJavaScriptコードは次の行のようになります。 var link = vis.selectAll("path.link") .data(cluster.links(nodes)) .enter().append("path")

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大きなデータセットのScipyエラーでの樹状図のプロット

私はScipyを階層的クラスタリングに使用しています。私は、fclusterを使用して、フラット・クラスターをしきい値で管理しています。しかし、私は形成された樹状図を視覚化する必要があります。私がdendrogramメソッドを使用すると、5〜6kのユーザーベクトルでうまく動作します。しかし、私のdataserは16kユーザベクトルから成っています。大きなdataserのための系統樹を視覚化する上

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d3のエルボーコネクターを使用したツリー/樹形図

私はd3.js（およびSVG全体）の新機能を使用しています。私はここからD3の一例をcannibalisedている：http://mbostock.github.com/d3/ex/cluster.html と私はそれがよりここprotovisの例のようにしたい： http://mbostock.github.com/protovis/ex/indent.html http://mbostock

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階層クラスタリングを使用してデータセット内のクラスタを示すヒートマップを生成するR

私は、タンパク質dna相互作用からなるデータセットを取り込み、データをクラスタリングし、その結果のデータを表示するヒートマップを生成しようとしています。対角線上に並んでいるクラスタでデータがクラスタ化されて見えます。私はデータをクラスタ化し、そのデータの樹形図を生成することができますが、Rのヒートマップ関数を使用してデータのヒートマップを生成すると、クラスタは表示されません。最初の2つのイメージを

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デンドログラムをPythonで

私は、デンドログラムをPythonで描画するコードを書こうとしています。それについて簡単な方法があります。私は、このデータセットに自分のコードを実行したときに、私は1つのクラスタ取得ポイントデータセット内のクラスタを識別するコードを書かれており、例えば、各反復のために作らクラスターの量を示した系統樹を作成したいしています最初の反復及び2クラスタ第2の反復私はこれを示すものを作りたいと思いま

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生成された樹状図からクラスタ情報を抽出します

生成された樹状図のグラフでは、列は距離のカットオフを示します。これらの距離カットオフのそれぞれについてクラスタ情報を取得する方法はありますか？具体的には、MatlabやRでそれを行う方法は？

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どうすればこのようなプロットを作成できますか？

私は、この種の一連の時系列データに対して階層的クラスタリングを行うプロットを見つけました。誰かにそのようなプロットを描く方法を教えてもらえますか？ RまたはJavascriptでの実装には、特にd3.jsを使用しています。基本グラフィックスとを、あなたはfigパラメータはあなたが別のプロット内のプロットを追加することができます：あなたは、常に手でプロットを作成することができます