bioinformatics

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私は患者診断のデータセットを1行に1つの診断コードで作成し、患者の複数の診断を行っています。各患者には固有のpatientIDがあります。私はまた、これらの患者の年齢、人種、性別などのデータを持っています。 PROC FREQ、Logistic、Univariateなどを使用して同じ患者であることをSASに示す方法を教えてください。これは、データがどのように見えるかの例である：私は、特定のラボ（

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特定のディレクトリで手動でAirflow DAGを実行する方法

気流が自分のニーズに適しているかどうかを評価しています（バイオインフォマティクス）。私は気流モデルでいくつかの問題を抱えています。具体的には： DAGファイルは実際にどこで実行されますか？そのコンテキストは何ですか？入力データをDAG定義ファイルに渡すにはどうすればよいですか？（たとえば、ディレクトリ内の各ファイルのタスクを作成しない）アドホックベースでDAGを実行するにはどうすればよいですか

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DNAbinをDNAStringSetに変換するには？

私はこのコードでRから猿のアライメントを取得しようとしています： library(muscle) #https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/muscle.html muscle(x, exec = "muscle", MoreArgs = "", quiet = TRUE) が、コンソールは言う： Error in musc

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pythonで奇妙なテキストファイルをフィルタリングする

私は、各ID行が>で始まり、次の行が文字列であるテキストファイルを持っています。また、文字列の次の行は、>で始まる他のID行になります。しかしそれらの中には、配列の代わりに“Sequence unavailable”があります。 ID行の後のシーケンスは、1つ以上の行にすることができます。この例のように： >ENSG00000173153|ENST00000000442|64073050;640

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BWAがローカルインデックスファイルを見つけることができません

現在、リファレンスゲノムを使用して読み込みをマップするために.fastaファイルをbwaにインポートしようとしています。しかし、私は現在、このエラーが発生しています： [E::bwa_idx_load_from_disk] fail to locate the index files ヘルプがありますか？ここに私のコードは次のとおりです。 #!/bin/bash source /opt/a

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DNAアセンブリのための適切なエッジ組換えクロスオーバー

私は、スペクトルのみを与えられた1つのシーケンスにDNAフラグメントを組み立てるための遺伝的アルゴリズムを実装しようとしていました。私の唯一の演算子はEdge Recombinationであり、かなり良い結果を得るには十分だと私は確信していました。しかし、私は80％（最適スコアの％）を上回ることはできません。また、500個のフラグメントを持つインスタンスは2時間までかかることがあります（100回

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送信時のパスを見つける方法テキストボックス

ローカルアプリケーションでURLを参照しようとしていて、正しい参照パスが見つからない。 Webサイトが要求したページの別の値に変換する値を使用します。メインURLはhttp://exac.broadinstitute.org/ 私の入力は残念ながら http://exac.broadinstitute.org/variant/7-140453136-A-T 私はこのバリアント値を持っていないウ

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Perlを使用してHTMLマークアップを使ってDNA配列内の一致するパターンをハイライト表示

PerlでCGIスクリプトを使用してHTMLページを生成しています。特定のパターンが含まれているかどうかを確認するには、いくつかのシーケンスをフィルタリングする必要があります。それらが含まれている場合、それらのシーケンスをページあたり50塩基/行で印刷し、シーケンス内のパターンを強調表示する必要があります。私のシーケンスは%hashと呼ばれるハッシュの中にあります。キーは名前、値は実際のシーケン

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Biopython私は興味などの位置のリストを持っている位置

のリストで、ベースコールを抽出する： 10 20 1000 4000000 私はbiopythonを使用してFASTAファイルからこれらの位置でベースコールを抽出したいです。これは私がしようとしたものです： query_dic ={} with open(line) as pos_file: for x in pos_file: for seq_record i

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Python- HTSEqをインストールできない

HTSeqをPython 3.6.1にインストールできません。私がインストールしようとすると、それは私に、このエラーを与える： "AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'encoding'[0m 2"