特定の列の値に基づいてデータフレームから行列を構築するにはどうすればよいですか？

Question

私は次のようにdfという名前のデータフレーム持っている：私は、マトリックスを構築Matを言うと、私は行として遺伝子および列などIDsを持つことになりますcsvファイルにそれを書きたい

Genes   ID   Type 
CFH   MB-0002  Gain 
CFHR3  MB-0002  Gain 
DEFB131  MB-0003  Gain 
UNC93B5  MB-0003  Loss 
CCDC125  MB-0004  Loss 
CCNB1  MB-0002  Gain 
CFH   MB-0004  Loss 
CCNB1  MB-0003  Gain 

を。対応するタイプがGain

-1であれば対応するタイプは、他のすべての場所でLoss

0ある場合

• 1：私が載せていきたいと思います。私の行列の

そして例のようになります。

   MB-0002 MB-0003 MB-0004 
    CFH    1  0  -1 
    CFHR3   1  0  0 
    DEFB131   0  1  0 
    UNC93B5   0  -1  0 
    CCDC125   0  0  -1 
    CCNB1   1  1  0 

Answer 1

試してみてください。

xtabs(c(1L, -1L)[Type] ~ ., data=df) 
#   ID 
#Genes  MB-0002 MB-0003 MB-0004 
# CCDC125  0  0  -1 
# CCNB1   1  1  0 
# CFH   1  0  -1 
# CFHR3   1  0  0 
# DEFB131  0  1  0 
# UNC93B5  0  -1  0 

xtab()それはレベルの組み合わせごとに頻度カウントを含む変数を取ることを除いてtable()に似ています。結果はas.data.frame()でデータフレームに戻すことができます。

数式の左側には、「カウント」（この場合は、不測の事態テーブルを入力する値）が表示されます。既知のトリックを使用して、インデックスを使用して因子を数値ベクトルに変換します（?factor参照）。右側の.は、「データフレーム内の残りの変数」のショートカットであり、この場合はGenes + IDに相当します。