アナコンダallensdkニューロンモデル

Question

私はアレンのニューロンモデルダウンロードしました：今、どのように行う https://alleninstitute.github.io/AllenSDK/install.html

：NEURONを持って、すべての必要なパッケージでアナコンダをインストール Nr5a1-Creをフィスプ層2/3 473862496

を私は、彼らが説明の並べ替えを持って

、NEURONを介して自分のモデルを実行するためにパッケージをallensdk使用： http://alleninstitute.github.io/AllenSDK/biophysical_models.html

どこでこのコードを書くのですか？ Python？アナコンダプロット？クモ？

Pythonではないコードをそのまま受け入れるわけではないので、まずallensdkパッケージにアクセスする必要があります。どうすればいいですか？

ありがとうございます。

Answer 1

ありがとうございます。ドキュメンテーションのリンクの最初の例は、すでに行ったように、モデルをダウンロードする方法を示しています。私はpythonスクリプトを書いてコマンドプロンプトから実行することでこれを行います。

スクリプトは次のようになります。

from allensdk.api.queries.biophysical_api import BiophysicalApi 

bp = BiophysicalApi() 
bp.cache_stimulus = True # change to False to not download the large stimulus NWB file 
neuronal_model_id = 473862496 # here's your model 
bp.cache_data(neuronal_model_id, working_directory='neuronal_model') 

コマンドプロンプトからこれを実行することができます（アナコンダコマンドプロンプトで結構です）次のように：

$ python <your_script_name.py> 

は、ドキュメント、次のステップを下に移動しますモデルを実行するには、コマンドプロンプトで次のコマンドを実行します。

$ cd neuronal_model 
$ nrnivmodl ./modfiles # compile the model (only needs to be done once) 
$ python -m allensdk.model.biophysical.runner manifest.json 

最初に、最初のスクリプトで指定した作業ディレクトリに移動します。

次に、モードファイルをコンパイルするNEURONバイナリ（nrnivmodl）を実行します。 PythonバインディングがインストールされたNEURONと、これを実行するPATHにNEURONが必要です。私はこれについてはわかりませんが、私はWindowsでmodfilesをコンパイルするには、別のコマンド/ワークフローが必要だと思います。それは、オペレーティングシステムの場合は、私はWindows上でNEURONとあまり慣れていないんだから、私はここであなたを参照してくださいする必要があります：

https://www.neuron.yale.edu/neuron/static/docs/nmodl/mswin.html

次へ]をあなたがベースのモデルを実行するためのallensdkでパッケージ化スクリプトを呼び出しています最初のスクリプト（manifest.json）でダウンロードしたファイルの1つ。