Pythonでsubprocess.callを使用しているマルチファイルstdin（bowtie用）

Question

私は、スクリプトのためにpythonでsubprocess.call演算子を使用するのが面倒な問題に直面しています。 パイプラインプログラム（bowtie）を複数回実行してから、さまざまな方法で出力を使用する必要があります。そのために、私はsubprocess.callを使用しています。

問題は、bowtieが入力ファイル2つとインデックスとテキストファイルを取り込み、それらの両方をstdinパラメータに割り当てることができないという問題です。

私はargsにインデックスへのパスも含めようとしましたが、もちろんbowtieはそれをインデックスとして認識せず、エラーを出します。 Sincerこのインデックスは常に同じですが、この問題を回避する方法はありますか？ここで

は私は（非常に生）に取り組んでいるコードの一部です：

inpath = "/media/2tbhd/workdata/nanocage_noadapt/zf/fasta/zf_ad_c_r2.fasta" 
ind_path = "indexes/zf_gen_topl" 
for elem in plist: 
     cmd = subprocess.call(["bowtie","-f","-v 3", "--best" "--suppress 6,7" "-p 6"], shell = True, stdin = inpath, ind_path) 

Answer 1

私はbowtieについては何も知りませんが、あなたの呼び出しのようなものでなければならないことに私には思える：

cmd = subprocess.call(['bowtie','-f',inpath,'-v','3', '--best','--suppress','6,7','-p','6',ind_path]) 

通常、引数のリストをサブプロセスに渡すのは、コマンドライン上の引数と同じです。コマンドラインがどのように見えるか分かっているなら、素晴らしいshlexモジュールを使ってコマンドを分割することができます。例えば：あなたの入力ファイルが実際に（それはあなたの例のように見えるものである）ファイルではなく、いくつかの他のプロセスからのパイプされたデータであれば、私はあなたのサブプロセスにSTDINを使用する必要があります

import shlex 
import subprocess 
cmd=subprocess.call(shlex.split("ls -al")) 

Answer 2

とは思いません.call関数はまったく！
私が知る限り、通常のコマンドラインbowtieにはSTDINを使ってインデックスを提供することはできません。これはファイルでなければなりません。だから間違いなくSTDINからではなく、通常の引数である必要があります。

これは私が正常に（何のSTDINを使用していないファイルとして、入力ファイルとインデックスの両方を持つ、）スクリプトから蝶ネクタイを呼び出す方法です：full_optionsは'-f -m1 -v1 --best --tryhard -S --sam-nosq'とindexnameのようなものである

subprocess.call(["bowtie %s %s %s %s"(full_options,indexname,infile,outfile)], 
       shell=True) 

は'Chlre4nm_cassette_new_m'のようなものです（シェル環境変数$BOWTIE_INDEXESによって与えられたディレクトリ内の、Chlre4nm_cassette_new_m。*。ebwtという形式の索引ファイル名の基本名です。これはbowtieが索引ファイルを検出する方法です）。

私は恐らくsubprocess.callを使いこなしていることに気付き、他の答えのようなリストにコマンド/オプション/引数を分割する必要があります。これは古いコードですが動作します。