2017-02-07 2 views
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Metadata = [] 
Sequence = [] 
N=0 
with open(file_location) as f: #opens file 
    content = f.read() #defines file under content 
for char in content: 
    if char == ">": 
     while char != "\n": 
      char.join(metadata[N]) 

私はfastaインタープリタを構築しようとしていますが、リストのインデックスが範囲外です。 FASTAファイル(formatted like this)を解析します。なぜPythonが文字を配列に格納するのに問題があるのか​​分かりません。ファイルを開く前にリストの理解度を使って配列を定義することはできますか?Pythonの新しい配列に.read()または.readline()から文字や行を追加する

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なぜbiopythonを使用しないのですか? –

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これはいくつかの授業のためのものですが、私たちはそれを難し​​い方法でやろうとしています。どのようにAsinine。 –

答えて

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問題はcontentではなく、Metadataとなります。空のリストとして作成し、N番目の要素を呼び出そうとします。

プログラムを実行できるようにいくつかの値で初期化してください。

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私は最終的に私が必要なすべての出力を 'メタデータ 'に' .append() 'することができたことを知りました。私は、未知の長さの空のリストを初期化することを恐れていました。 –

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