ggplot2：facet_gridでgeom_dotplotを使用しているときに自由軸のスケールがありません

Question

私はfacet_gridを使って一連のドットプロットを一緒に生成しようとしています。このようにして、私はgeom_dotplotがfacet_gridのscale = "free_y"引数に応答しないように見えることに気付きました。

require(ggplot2) 

#Example data 
set.seed(3) 
df = data.frame(Gene = rep(c("a", "b", "c", "d"), each=20), 
       ToD = rep(c("Morning", "Evening"), times = 40), 
       Expression = c(runif(20, min=0, max=10), 
           runif(20, min=0, max=1), 
           runif(20, min=0, max=1000), 
           runif(20, min=0, max=100))) 

#Box plots of example data 
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) + 
    geom_boxplot() + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

#Dot plots of example data 
ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression)) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

そして、ここで私が現在使用しているRとggplot2のバージョンです：ここ

は、いくつかのサンプルコードです

• Rバージョン3.2.2（2015年8月14日）
• ggplot2_1.0.1.9003

だから私は、ボックスプロットを生成する際に、y軸ですべてが期待どおりに動作します各ファセット行に対して適切にスケーリング：

はしかし、ドットプロットは、あらゆる面行に対して同じy軸のスケールを維持する：

私は既知のバグについて読みましたggplot2では、フリースケールを指定するときにcoord_flipとfacet_gridが一緒に動作しません。これは同じ問題に関連していますか？

それぞれのプロットを個別に生成し、それらをgrid.arrangeと組み合わせることはできますが、これは私にとっては面倒です。私は他の面取りされたプロットとこれらのドットプロットを整列させようとしています、そして私はgrid.arrangeを使ってそれらを再生成する必要性を避けたいと思います。何かご意見は？

何か助けてもらえますか？ありがとうございました。詳細をお知らせください。

Answer 1

私は?geom_dotplotの文書を読んでいます。どうやら、binpositions-optionは "all"（すべてのデータをまとめて）または "bygroup"に設定することができます。デフォルト。このように、グループとしてファセットの両方の遺伝子を用いて、binpositionsは変えることができ、少なくとも遊離のy軸は、返さ：

ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=Gene)) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y") 

しかし、今、x軸上のグループが消失しました。そこよりよい解決策は、おそらくですが、ジーンとToDの間の相互作用によってグループ化すると、それを解決するように見えた：

ggplot(df, aes(x = ToD, y = Expression, group=interaction(Gene,ToD))) + 
    geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "centerwhole", binpositions="bygroup") + 
    facet_grid(Gene ~ ., scales = "free_y")