dockerfileにreposを追加

Question

私はmxnetパッケージをインストールできるように私のDokerfileにDMLC reposを追加しようとしています。私はこれを次のようにしています：

RUN R -e "install.packages('drat', repos='https://cran.rstudio.com')" 
RUN R -e "drat::addRepo('dmlc')" 
RUN R -e "install.packages('mxnet', #repos='https://dmlc.github.io/drat', dependencies=TRUE)" 

これは動作しません。

RUN R -e "print(getOption('repos'))" 

は、次のように私は明示的にリポジトリを指定し、これを解決するには：驚くべきことに、私はDMLCのレポを追加していていても、私は、次のコマンドの出力をプリントアウトする際に、実際にそれが追加されていないことに気づきました。

#RUN R -e "install.packages('mxnet', #repos='https://dmlc.github.io/drat', dependencies=TRUE)" 

これはまだ機能しませんでした。

this is screenshot of the error

任意の助けを：それはというエラーがスローされますか？私がやろうとしているのは、私のコンテナを準備するときにDockerfileにmxnetをインストールすることです。

Answer 1

いくつかの提案：

1. あなたがドッカーでそれらを使用する前にRコマンドがDockerfile外で正常に動作することを確認します。発生したエラーメッセージは、ファイルが存在しないため、インストールに失敗します。http://dmlc.ml/drat/src/contrib/mxnet_0.7.tar.gz

2. 次の手順をmacOS X El Capitanで試してみましたが、依存パッケージ、rgexf、XMLのエラーが発生しました。しかし、あなたの環境で以下のステップがうまくいくかどうかチェックできますか？私が遭遇した

https://mxnet.incubator.apache.org/get_started/install.html

cran <- getOption("repos") 
    cran["dmlc"] <- "https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/" 
    options(repos = cran) 
    install.packages("mxnet") 

エラー：

Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
    cannot download all files 
In addition: Warning message: 
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
    URL 'https://s3-us-west-2.amazonaws.com/apache-mxnet/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz': status was '404 Not Found' 
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available, : 
    download of package ‘mxnet’ failed 
... 
... 
... 
ERROR: dependency ‘rgexf’ is not available for package ‘DiagrammeR’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/DiagrammeR’ 

The downloaded source packages are in 
    ‘/private/var/folders/b2/d3rhxz3504q3q42dlx994wmnc9mg23/T/RtmpoUy7j7/downloaded_packages’ 
Warning messages: 
1: In install.packages("mxnet") : 
    installation of package ‘XML’ had non-zero exit status 
2: In install.packages("mxnet") : 
    installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status 
3: In install.packages("mxnet") : 
    installation of package ‘rgexf’ had non-zero exit status 
4: In install.packages("mxnet") : 
    installation of package ‘DiagrammeR’ had non-zero exit status 

その後、私が試した：

cran <- getOption("repos") 
cran["dmlc"] <- "https://apache-mxnet.s3-accelerate.dualstack.amazonaws.com/R/CRAN/" 
options(repos = cran) 
install.packages("mxnet") 

Error in download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
    cannot download all files 
In addition: Warning message: 
In download.file(url, destfile, method, mode = "wb", ...) : 
    URL 'https://apache-mxnet.s3-accelerate.dualstack.amazonaws.com/R/CRAN/src/contrib/mxnet_0.10.1.tar.gz': status was '404 Not Found' 
Warning in download.packages(pkgs, destdir = tmpd, available = available, : 
    download of package ‘mxnet’ failed 

注：このエラーはしかし、インストールを中止しないことを私が殴るまでエラー：

** R 
** demo 
** inst 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices 
** testing if installed package can be loaded 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
    unable to load shared object '/usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph/libs/igraph.so': 
    dlopen(/usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph/libs/igraph.so, 6): Library not loaded: @rpath/libxml2.2.dylib 
    Referenced from: /usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph/libs/igraph.so 
    Reason: image not found 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph’ 
* restoring previous ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/igraph’ 
ERROR: dependency ‘XML’ is not available for package ‘rgexf’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/rgexf’ 
ERROR: dependency ‘rgexf’ is not available for package ‘DiagrammeR’ 
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.3/site-library/DiagrammeR’ 

これらの手順は、お使いのOSおよび環境で動作する可能性があります。だから、それらを試してみて、結果をここに投稿してください。

その後、この問題がgithubで検出されました。私はDMLCレポは、Mac/Windowsのレポであることが判明

https://github.com/apache/incubator-mxnet/issues/8926