nmdsに使用するマトリックスのタイプ

Question

RでNMDSを使用してデータを分析しようとしました。私のマトリックスには、種の名前と列が列挙され、個々のサイトとして列挙されています。私はいくつかのサイトの下にゼロを持っています。私は様々な場所で種の豊富さを比較しています。行の種のタイトルを削除すると、以下のコードを使用することができます。

私が使用しようとしていますコードは、このコードです：

BirdMatrix<-read.csv("BirdMatrix.csv") 
install.packages("vegan") 
library(vegan) 
community_matrix<-as.matrix(BirdMatrix, ncol=8, nrow=62) 
example_NMDS=monoMDS(community_matrix, # Our community-by-species matrix 
       k=2) # The number of reduced dimensions 

しかし、私は継続的にエラーが発生します。

Error in monoMDS(community_matrix, k = 10):
'dist' must be a distance object (class "dist") or a symmetric square matrix

は私が何とか行列を変更する必要がありますか？

Answer 1

おそらくすでにわかっているかもしれませんが、完全自動入力パッケージでvegdist関数を使用する必要があります。 例：dist.bird <- vegdist(Birdmatrix, method ="bray")