まず、NetCDFが正しい選択ですか?大量のデータを読み込み、NetCDFを既にサポートしている他のプログラムと対話したい場合は、おそらく大きな選択です。大規模な多次元配列をサポートする多くの標準的でよくサポートされているファイル形式はありません。しかし、C#からファイルを読み書きするだけであれば、それはあまり良い選択ではないかもしれません。
私は "古典的な" NetCDFファイル形式の大ファンです。これはコンパクトで非常にシンプルですが、一般的な種類の多次元の構造化されたデータを多数サポートできます。古典的なNetCDF用の完全なパーサを書くのに私は一日しかかかりませんでした。古典的なNetCDFファイルの整形された特別なケースを出力するプログラムを書くのに1時間かかりました。あなたは純粋なC#NetCDFライブラリを自分で実装することができ、それほど問題はありません。必要な機能だけを実装すれば簡単に始めることができます。 Here's the specification.
残念ながら、NetCDF-4はデータフォーマットとしてHDF-5を使用することを選択しました。複雑さが増し、完全なNetCDFパーサーを別の言語で書くのがはるかに難しくなります。 HDF-5は非常に一般的な目的であり、私の意見では、それは過度に強化されました - それはあまりにも多くの人々にとってあまりにも多くのことをしようとします。私はユニットテストを書いて1か月を費やす予定がない限り、直接それを使って作業しようとは勧めません。 C#のnetCDF-4/HDF-5を使用する必要がある場合、唯一の現実的な選択肢は、SWIGなどを使用してCライブラリをラップすることです。
NetCDF for PythonはCコードのラッパーに過ぎないので、実際にはそれほど役に立ちません。ラップされたCライブラリを使用する場合は、Pythonを中間層として使用するのではなく、C#ラッパーを作成することもできます。
私はこれを使用していないので、それがどこから来るのかを考えてください。 CodePlexプロジェクトのリード開発者(彼がもう作業していない)は、代わりに[リンク](http://sds.codeplex.com/)を提案します。名前は** SDS:Scientific DataSetライブラリとツール**を意味し、NetCDFサポートを含みます。それはドキュメンテーションを持っているようで、ベータ版ではありません。私がこの2011年10月14日に書いたように、最後の更新は1年以上経過しています(2010-07-18)。 –