perl：メッシュ配列に沿ったスライディングウインドウの検索

Question

最終的にList::MoreUtils::meshを使って3つの文字の配列を結合しようとしています。その結果、配列間の各位置を比較できます。 例えば、私のように見える三つのファイルがある場合：

>file_1 
    TAGCTAGCCAGC-T 

最初の比較はTTTの間になります（これは無置換としてカウントされます）。最初の文字がTAAの場合、これは置換文字としてカウントされます。最初の課題は、対応する3つの文字を一緒にして比較することです。ここで

は、これまでの私のコードです：

use strict; 
    use warnings; 
    use List::MoreUtils qw{mesh}; 

    open (SEQ_ONE, "<", "/path/to/file_1.txt") or die $!; 
    open (SEQ_TWO, "<", "/path/to/file_2.txt") or die $!; 
    open (REFERENCE, "<", "/path/to/reference_sequence.txt") or die $!; 

    my @first; 
    my @second; 
    my @reference; 
    my @combined; 
    my $sequence; 
    my $secondsequence; 
    my $thirdsequence; 
    my $windowsize = 3; 
    my $step = 3; 

    while (my $line = <SEQ_ONE>){ 
      chomp $line; 
      if ($line !~ /^>+/) { 
        $sequence .= $line; 
      } 
      @first = split //, $sequence; 
    } 

    while (my $secondline = <SEQ_TWO>){ 
      chomp $secondline; 
      if ($secondline !~ /^>+/){ 
        $secondsequence .= $secondline; 
      } 
      @second = split //, $secondsequence; 
    } 

    while (my $thirdline = <REFERENCE>){ 
      chomp $thirdline; 
      if ($thirdline !~ /^>+/){ 
        $thirdsequence .= $thirdline; 
      } 
      @reference = split //, $thirdsequence; 
    } 

    @combined = mesh @reference, @first, @second; 
    my $list = "@combined"; 

    for (my $windowstart = 0; $windowstart <= (length($list) - $windowsize); $windowstart += $step){ 
      my $windowSeq = substr($list, $windowstart, $windowsize); 
      print $windowSeq, "\n"; 
    } 

これは2と1文字の長さで交互に、文字のチャンクで文字を壊すようです。私は別のウィンドウとステップサイズで実験してきたが、私はまだ時間で別々の3文字の所望の出力を得ることができません

T T 
    T 
    A A 
    A 
    G G 
    G 

：上記のコードの出力は次のように見えます。私は近づいています、ちょうどそこにはありません。助けてくれてありがとう。

Answer 1

ステートメントmy $list = "@combined";は、配列要素とその間にスペースが追加された文字列を生成します。これにより、以下の処理が完全にオフになります：substr配列の二重引用符（"@array"）は、印刷すると読みやすくなり便利です。ここであなたが望む

my $list = join '', @combined;