Rでhdf5ファイルを扱うには？

Question

私はhdf5形式のファイルを持っています。私はそれが行列であることを知っていますが、私はそれを勉強できるようにRにその行列を読みたいと思います。私はh5rパッケージがこれを手伝ってくれると思っていますが、私はチュートリアルを読む/理解するのが簡単ではありません。そのようなチュートリアルはオンラインで入手できますか？具体的には、どのようにhdf5オブジェクトをこのパッケージで読み、実際に行列を抽出するのですか？

UPDATE

私はCRANの一部ではなくBioConductoRの一部であるパッケージrhdf5を見つけました。インタフェースは、ドキュメントを理解するのが比較的簡単であり、サンプルコードはかなり明確です。私は問題なくそれを使うことができました。私の問題は入力ファイルだったようです。私が読んでいたかったマトリックスは、python pickleとしてhdf5ファイルに実際に格納されていました。だから私はそれを開こうとするたびにRにアクセスし、segmentation faultを得ました。私はpythonの中からtsvファイルとしてマトリックスを保存する方法を解明しましたが、その問題は解決しました。

Answer 1

私はrgdalパッケージを使用してHDF5ファイルを読み取りました。おそらくrgdalのバイナリバージョンがhdf5をサポートしていないことに注意する必要があります。その場合、ソースからrgdalをビルドする前に、HDF5サポートのあるソースからgdalをビルドする必要があります。

また、hdf5からnetcdfにファイルを変換してください。 netcdfに入ったら、優れたncdfパッケージを使用してデータにアクセスできます。私が考えている変換は、cdo toolで行うことができます。

Answer 2

netCDF-4へのインターフェイスでもあるnetCDF-4は、hdf5ファイルを読み取るために使用できます（netCDF-4はnetCDF-3と互換性がありますが、hdf5が記憶層として使用されます）。開発者の言葉で

：

• HDF groupは言う：利用しながら

のNetCDF-4は、各々の望ましい特性を取る、のNetCDF-3およびHDF5データモデルを合成彼らの別々の強さのうち

のnetCDF-4形式の実装を記憶層としてHDF5の拡張バージョンを使用してのNetCDF-3のデータモデルを拡張：Unidataは言います。実際に

、ncdf4は、シンプルなインターフェースを提供し、古いhdf5とncdfパッケージを使用してから単一ncdf4のパッケージにコードを移行することはour code少ないバギーをしたし、簡単に書くために（私の試練と回避策のいくつかはmy previous answerに記載されています）。

Answer 3

rhdf5パッケージはCRANには含まれていませんが、本当にうまく機能します。Bioconductor

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite("rhdf5") 

からそれをインストールし、それを使用する：データグループを見つけるために、ファイル内のオブジェクトは、あなたが読みたい

library(rhdf5) 

一覧：

h5ls("path/to/file.h5") 

HDF5データを読みます：

mydata <- h5read("path/to/file.h5", "/mygroup/mydata") 

そしてinspect the structure：

str(mydata) 

（すなわち多次元配列may appear transposedに注意）。また、Rで名前付きリストを読むことができます。

Answer 4

h5、最近CRANに公開したパッケージを使用することもできます。 rhdf5と比較すると、それは次のような特徴があります：直接ファイル、グループ、データセットや属性などのHDF5オブジェクトと対話する

1. S4オブジェクトモデルを。
2. 簡単な構文、すべてのデータ型の80％+のコードカバレッジと
3. 200+テストケース用 readdata <- dataset[1:3, 1:3] dataset[1:3, 1:3] <- matrix(1:9, nrow = 3)
4. サポートNA値のようなコマンドをサポートするデータセットのR状のサブセット演算子を実施しました。

   library(h5) 
   testmat <- matrix(rnorm(120), ncol = 3) 
   # Create HDF5 File 
   file <- h5file("test.h5") 
   # Save matrix to file in group 'testgroup' and datasetname 'testmat' 
   file["testgroup", "testmat"] <- testmat 
   # Close file 
   h5close(file) 
   

   ...とバックRに行列全体をお読みください：あなたが使用できるマトリックスを保存するには

file <- h5file("test.h5") 
testmat_in <- file["testgroup", "testmat"][] 
h5close(file) 

も参照

• にH5 CRAN：http://cran.r-project.org/web/packages/h5/index.html
• Github：https://github.com/mannau/h5