RとHDF5のトラブル

Question

私はhdf5をRにロードしていくつかの問題に遭遇しようとしています。ここで私は私の環境を設定するために要した手順です。

からMacPortsの

hdf5_1.6.9.tar.gzを介してインストール

• Mac OS XのR 2.10.0（x64）の10.6
• HDF5 1.8.3 CRAN

私はHDF5の私のバージョンとRモジュールが期待しているバージョンの非互換性に関連していると私は思っています。完全を期すために、ここで私はRモジュールをインストールする方法です：

R CMD --configure-VARSをINSTALL = --configure-引数= ' 'CPPFLAGS = -Iは/ opt//ローカルには、' - と - HDF5を=/opt/local 'hdf5_1.6.9.tar.gz

これはうまくいきます。ライブラリは問題なく読み込むようだが、私は、ファイルをロードしようとすると、何もデータが返されません。

ライブラリ（HDF5）

hdf5load（ "test.h5"）

NULL

しかし

、

OSX：データ・スコット$ h5dumpのtest.h5 HDF5 "test.h5" { 基 "/" { DATASET "DSET" { DATATYPE H5T_STD_I32LE データスペースSIMPLE {（31）/（31）} DATA { （0）：1、2、4、8、16、32、64、128 （22）：4194304、8388608、16777216、33554432、67108864、67108864、134217728（14）：16384、32768、65536、131072、26514、524288、1048576、2097152、 、 （28）：268435456、536870912、1073741824 }} }}

任意の考え？

ありがとうございます。

Answer 1

hdfload()にverbosity引数を使用し、ls()を使用して環境を確認してください。 hdfload()には副作用があり、現在の環境にテーブルをロードします。NULLがデフォルトの戻り値です。

• load：論理値あなたは引数load=TRUEを使用している場合は、オブジェクトは名前付きリストの要素として返されます。 'FALSE'の場合、 オブジェクトは、名前付きリストの コンポーネントとして返されます。 'TRUE'（デフォルト）の場合、 オブジェクトは、独自の という名前の変数としてロードされます。この場合、この関数は何も返しません。

私のMacでは、すべて同じ設定でうまく動作します。

R> rm(list=ls()) 
R> ls() 
character(0) 
R> hdf5load("TestHDF5.h5", verbosity=3) 
hdf5_global_verbosity=3 load=1 
Processing object: Dataset0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544326 
Dataset has tid 201326902 
Dataset has space id 268435467 
Dataset has rank 1 
Dataset has dims/maxdims: 1/1 
Allocating vector with rank=1 dim=1 
calling vector_io. Hangs here with big datsets 
Setting buffer size in plist 
About to read with bufsize = 50 
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25 
leaving string_ref 
Done read 
in vector_io: permuting 
in vector_io: tidying 
Phew. Done it. calling iinfo->add 
Rank > 1 or not VECSXP 
Calling hdf5_load_attributes 
back from hdf5_load_attributes 
...Finished dataset 
Processing object: Table0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544327 
Dataset has tid 201326906 
Dataset has space id 268435468 
Dataset has rank 1 
Dataset has dims/maxdims: 1/1 
Dataset has type = VECSXP and rank 1 
Reading... 
....done 
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25 
leaving string_ref 
...Finished dataset 
NULL 
R> ls() 
[1] "Dataset0" "Table0" 

Answer 2

CRANでh5rパッケージを試すこともできます。このパッケージは、新しいhdf5ライブラリを使用し、hdf5ライブラリよりも多くの機能を提供します。