R MiRKAT用ツリーの作成

Question

RパッケージMiRKATを使用するためのツリーを作成しようとしていますが、ドキュメントが非常に分かりにくいので、ここの誰かが私を助けてくれることを願っています。

私のデータが構造である：

  Acaryochloris Achromobacter Acidiphilium Acidisphaera 
Sample1    23    1   0   4     
Sample2    0    0   2   0     
Sample3    4    0   4   0     
Sample4    0   30   0   5     
Sample5    11    0   5   0     
Sample6    0    0   0   0 

そしてパッケージはビネット構造の木を取ります

List of 4 
$ edge  : int [1:1710, 1:2] 857 858 859 860 861 862 863 864 865 866 ... 
$ Nnode  : int 855 
$ tip.label : chr [1:856] "1883" "3114" "1483" "2576" ... 
$ edge.length: num [1:1710] 0.00846 0.09451 0.01012 0.01208 0.03501 ... 
- attr(*, "class")= chr "phylo"  

ビネットが上で見つけることができます：http://research.fhcrc.org/content/dam/stripe/wu/files/MiRKAT/MiRKAT_Vignette.pdf

データをそのようなツリー構造に変換する方法はありますか？もしそうなら、どのパッケージもお勧めできますか？

Answer 1

申し訳ありませんが、私は自分自身を見つけました。

mydata_dist <- dist(mydata) 
mydata_hc <- hclust(mydata_dist) 
mydata_phyl <- as.phylo(mydata_hc)