私は次の形式のプログラムを書いた

Question

のMatlabのMEXのコンパイル時にリンクする方法：

`gcc44 -I/home/matteson/sundials/include/ main.c -lm -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -fopenmp -o /home/matteson/MPI_test/CVODE_test/main_test` 

「gcc44：リンク、コンパイルし、次のコマンドで正しく動作

#include "stuff_I_need.h" 

int main(){ 

construct_array(); // uses OpenMP pragma's 
print_array(); 

return(0); 


} 

"は単純にgccバージョン4.4であり、gccのいくつかのバージョンを維持するクラスタ上でコンパイルされているため、このように命名されています。ライブラリsundials_cvodeとsundials_nvecserialは、配列の構築中にいくつかの微分方程式を解くのに使用されます。

#include "stuff_I_need.h" 

void mexFunction(int nlhs,mxArray* plhs[], int nrhs, const mxArray* prhs[]){ 

construct_array(); // uses OpenMP pragma's 
print_array(); 

} 

とMATLABで次のコマンドを使用してコンパイルしよう：

>> mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -I/home/matteson/sundials/include/ -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial" mex_cvode.c 

I今、私はMatlabのにオーバー転送し、フォームのMEXファイルをコンパイルしようとするときに

リンクエラーが発生すると次のメッセージが表示されます。

-> mexopts.sh sourced from directory (DIR = $HOME/.matlab/$REL_VERSION) 
    FILE = /home/matteson/.matlab/R2010b/mexopts.sh 
---------------------------------------------------------------- 
-> MATLAB    = /misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b 
-> CC     = gcc44 
-> CC flags: 
     CFLAGS    = -ansi -D_GNU_SOURCE -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_nvecserial 
     CDEBUGFLAGS  = -g 
     COPTIMFLAGS  = -O -DNDEBUG 
     CLIBS    = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++ 
     arguments   = -DMX_COMPAT_32 
-> CXX     = g++ 
-> CXX flags: 
     CXXFLAGS   = -ansi -D_GNU_SOURCE -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread 
     CXXDEBUGFLAGS  = -g 
     CXXOPTIMFLAGS  = -O -DNDEBUG 
     CXXLIBS   = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm 
     arguments   = -DMX_COMPAT_32 
-> FC     = g95 
-> FC flags: 
     FFLAGS    = -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer 
     FDEBUGFLAGS  = -g 
     FOPTIMFLAGS  = -O 
     FLIBS    = -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm 
     arguments   = -DMX_COMPAT_32 
-> LD     = gcc44 
-> Link flags: 
     LDFLAGS   = -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmpofopenmp 
     LDDEBUGFLAGS  = -g 
     LDOPTIMFLAGS  = -O 
     LDEXTENSION  = .mexa64 
     arguments   = 
-> LDCXX     = 
-> Link flags: 
     LDCXXFLAGS   = 
     LDCXXDEBUGFLAGS = 
     LDCXXOPTIMFLAGS = 
     LDCXXEXTENSION  = 
     arguments   = 
---------------------------------------------------------------- 


Warning: You are using gcc version "4.4.4". The version 
     currently supported with MEX is "4.3.4". 
     For a list of currently supported compilers see: 
     http://www.mathworks.com/support/compilers/current_release/ 

-> gcc44 -c -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/include -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/simulink/include -DMATLAB_MEX_FILE -ansi -D_GNU_SOURCE -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_nvecserial -DMX_COMPAT_32 -O -DNDEBUG "mex_cvode.c" 

-> gcc44 -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmpofopenmp -o "mex_cvode.mexa64" mex_cvode.o -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++ 

mex_cvode.o: In function `mexFunction': 
mex_cvode.c:(.text+0x2b2): undefined reference to `N_VNew_Serial' 
mex_cvode.c:(.text+0x2db): undefined reference to `N_VNew_Serial' 
mex_cvode.c:(.text+0x35b): undefined reference to `CVodeCreate' 
mex_cvode.c:(.text+0x39c): undefined reference to `CVodeInit' 
mex_cvode.c:(.text+0x3dd): undefined reference to `CVodeSVtolerances' 
mex_cvode.c:(.text+0x412): undefined reference to `CVodeSetUserData' 
mex_cvode.c:(.text+0x449): undefined reference to `CVDense' 
mex_cvode.c:(.text+0x482): undefined reference to `CVDlsSetDenseJacFn' 
mex_cvode.c:(.text+0x50c): undefined reference to `CVode' 
mex_cvode.c:(.text+0x5b4): undefined reference to `N_VDestroy_Serial' 
mex_cvode.c:(.text+0x5c0): undefined reference to `N_VDestroy_Serial' 
mex_cvode.c:(.text+0x5cc): undefined reference to `CVodeFree' 
collect2: ld returned 1 exit status 

    mex: link of ' "mex_cvode.mexa64"' failed. 

??? Error using ==> mex at 208 
Unable to complete successfully. 

どういうわけか、私はcorrec適切にリンクするフラグ。 gcc44コマンドでリンクするコマンドを削除すると、同じエラーが発生する（さらにいくつかのことがあります）ので、私はコンパイラにライブラリを見させないと確信しています。

私の質問は以下のとおりです。エラーの私の分析が正しければ

• 、何のフラグIが正常にリンクするMEXコンパイルコマンドに渡す必要がありますか？
• また、Matlab環境の外部でコンパイルしてリンクするgccフラグは、.mex64実行ファイルをコンパイルするためには何ですか？
• 私の分析が間違っている場合、ここからどこに行くのですか？

私はgcc 4.4を使ってOpenMPプログラムで単純なmexをコンパイルすることができたので、サポートされていないコンパイラ警告を除外したと思いますが、これらは数学ライブラリ以外にリンクする必要はありません。また、 "-fopenmp"フラグの有無にかかわらず、バージョンgccバージョン4.1.2または4.3.4でコンパイルすると、同じエラーが発生します。

最後に、以前のバージョンでは表示されなかった特定のOpenMPサポートのため、バージョン4.4が必要です。

ご協力いただきありがとうございます。

--Andrew

編集：（@KWATFORD）

だから私は、引用符の外のステートメントを使用してコマンドを試みたが、エラーが発生しました：

-> gcc44 -c -I/home/matteson/sundials/include/ -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/include -I/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/simulink/include -DMATLAB_MEX_FILE -ansi -D_GNU_SOURCE -fexceptions -fPIC -fno-omit-frame-pointer -pthread -fopenmp -DMX_COMPAT_32 -O -DNDEBUG "mex_cvode.c" 

-> gcc44 -O -pthread -shared -Wl,--version-script,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/extern/lib/glnxa64/mexFunction.map -Wl,--no-undefined -fopenmp -o "mex_cvode.mexa64" mex_cvode.o -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -Wl,-rpath-link,/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -L/misc/linux/64/opt/pkg/matlab/R2010b/bin/glnxa64 -lmx -lmex -lmat -lm -lstdc++ 

/usr/bin/ld: /home/matteson/sundials/lib/libsundials_cvode.a(cvode.o): relocation R_X86_64_32 against `a local symbol' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC 
/home/matteson/sundials/lib/libsundials_cvode.a: could not read symbols: Bad value 
collect2: ld returned 1 exit status 

    mex: link of ' "mex_cvode.mexa64"' failed. 

??? Error using ==> mex at 208 
Unable to complete successfully. 

私は私はgcc44コマンドを見るとオプションとして-fPICが表示されるので、 "-fPIC"で再コンパイルするという提案について混乱しています。

ライブラリを-fPICで再コンパイルすると言っていますか？

私はライブラリのソースを持っていませんが、ライブラリを再コンパイルすることをお勧めしますか？

「ローカルオブジェクトに対する再配置」は何を意味しますか？

私は継続的に感謝します。

Answer 1

これらの環境変数には、-l、-L、または-I引数を入れないでください。 mex関数は、これらの型の引数を直接扱います。だから、おそらく何かのように：

mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp" -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial mex_cvode.c 

Answer 2

Matlabは独自のlibstdcとlibstdC++を使用しています。

ショートカットは、使用するgcc44ライブラリのライブラリへのシンボリックリンクを行うことです。

しかし、これは望む方法ではないかもしれません。あなたは、外部のMATLABプロンプトを試してみて、まだコンパイルが失敗したかどうかを確認することができます。

Answer 3

クワットフォードは2番目の質問と正しいトラックに私を入れた。私は共有ライブラリを使って日時計ソルバーを再構築することによってmexコマンドを動作させることができました。具体的には、私が構築された：

% make distclean 
% ./configure --prefix=/home/matteson/sundials --enable-shared 
% make 
% make install 

また、感謝を呼び出すことにより、元の修正のためにkwatfordする：

mex -v CC="gcc44" CFLAGS="\$CFLAGS -fopenmp" LDFLAGS="\$LDFLAGS -fopenmp" -I/home/matteson/sundials/include/ -L/home/matteson/sundials/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial mex_cvode.c 

をMEXは、-Lおよび-Iを処理する方法を知っているから。