私はPythonを使用して、PhDのいくつかの化学構造でスクリプトを動作させています。私はPython用のopenbabelライブラリをインストールしたい。私はベストを尽くしましたが、私はそれをインストールできませんでした。常にエラーが発生します: Error: SWIG failed. Is Open Babel installed?
私のPC上のPythonパスは、C:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32
です。 Openbabelは次のパスC:\Program Files (x86)\OpenBabel-2.3.1
にインストールされています。Windows 10にPython 3.6用のopenbabelをインストールするにはどうすればよいですか?
私はpython -m pip install openbabel
を実行すると、それは次のエラーを与える:
C:\Users\malih>python -m pip install openbabel
Collecting openbabel
Using cached openbabel-2.4.1.tar.gz
Installing collected packages: openbabel
Running setup.py install for openbabel ... error
Complete output from command C:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\python.exe -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Temp\\pip-build-glr82a7x\\openbabel\\setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record C:\Users\malih\AppData\Local\Temp\pip-02z3p_a9-record\install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:
running install
running build_ext
Warning: pkg-config could not be found.
Guessing Open Babel location:
- include_dirs: ['C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python36-32\\include', 'C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python36-32\\include', '/usr/local/include/openbabel-2.0']
- library_dirs: ['C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python36-32\\libs', 'C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Programs\\Python\\Python36-32\\PCbuild\\win32', '/usr/local/lib']
building '_openbabel' extension
swigging openbabel-python.i to openbabel-python_wrap.cpp
swig.exe -python -c++ -small -O -templatereduce -naturalvar -IC:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\include -IC:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\include -I/usr/local/include/openbabel-2.0 -o openbabel-python_wrap.cpp openbabel-python.i
Error: SWIG failed. Is Open Babel installed?
You may need to manually specify the location of Open Babel include and library directories. For example:
python setup.py build_ext -I/usr/local/include/openbabel-2.0 -L/usr/local/lib
python setup.py install
----------------------------------------
Command "C:\Users\malih\AppData\Local\Programs\Python\Python36-32\python.exe -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='C:\\Users\\malih\\AppData\\Local\\Temp\\pip-build-glr82a7x\\openbabel\\setup.py';f=getattr(tokenize, 'open', open)(__file__);code=f.read().replace('\r\n', '\n');f.close();exec(compile(code, __file__, 'exec'))" install --record C:\Users\malih\AppData\Local\Temp\pip-02z3p_a9-record\install-record.txt --single-version-externally-managed --compile" failed with error code 1 in C:\Users\malih\AppData\Local\Temp\pip-build-glr82a7x\openbabel\
私は、このページの指示に従ってくださいしようとしましたが、彼らはLinux用の純粋であり、私はWindowsのためにそれらをフォローアップできませんでした: How do I use python-openbabel in Travis CI?
私はまた、以下のガイドからのpkg-config設定をインストールしようとしたが、その後も、それは同じエラーを与える: How to install pkg config in windows?
私の仕事はこれに基づいており、私はこの時点で立ち往生しているので、私を助けてください。あなたの時間を事前に感謝します。
こんにちは@pandamakesありがとうございました。これはかなり速く、 'pip install openbabel-2.4.1-cp36-cp36m-win32.whl'を使ってインストールしました。正しく動作しているかどうかを確認する例も教えてください。後でその詳細な使用法を説明します。私は次の例をオンラインで試してみましたが、エラーが出ました: 'import pybel mol = pybel.readstring(" smi "、" CC(= O)Br ")mol.make3D()print(mol.write(" sdf " )) ' また、どの形式も読んでいません。 'ValueError:mol2は認識されたOpen Babelフォーマットではありません? ' – Hashmi
お詫び申し上げます、私はあなたがまだopenbabel windowsバイナリをダウンロードしてインストールする必要があると信じています。この仮説をテストするには、コマンドラインに行き、「obabelが内部コマンドとして認識されない」と表示された場合は
obabel -V
と入力し、Windowsバイナリをインストールする必要があります。 whlファイルはPythonバインディングだけです、と私は思います。 – pandamakes