jpyyterノートブックでインラインrmagicにrpy2を使用

Question

私はjupyterノートブックでインラインrmagicを使用しようとしていますが、動作させるために非常に困難な時間がありました。私は%load_ext rpy2.ipythonをロードしようとするたびに

、私は次のエラーを取得する：

ImportError: dlopen(/Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site 
    packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so, 2): Library not loaded: liblzma.5.dylib 
    Referenced from: /Users/MyName/anaconda/lib/python2.7/site- 
    packages/rpy2/rinterface/_rinterface.so 
    Reason: image not found 

私はpipでそれをインストールしようとしている、conda install -c r rpy2でそれをインストールしてみました。

このrpy2の横には、がであり、RとJupyterのノートブックをセットアップできるようになっているので、新しいノートブックをRで作成できるため、R/Jupyter通信の問題ではないようです。

私が実行しています：

OS X (El Capitan) 
Python 2.7.12 :: Anaconda 4.1.1 (x86_64) 
R version 3.3.1 (2016-06-21) (located as in /Users/myName/anaconda/bin) 
rpy2 2.8.3 (located in /Users/myName/anaconda/lib/python2.7/site-packages/) 

をrpy2は、これらの日Jupyterノートブックで動作するように取得する方法はありますか？

Answer 1

私は、これはアナコンダを再インストール、およびcondaを通じてrpy2をインストールすることで、仕事を得ることができました：

conda install rpy2 

これはRやアナコンダの依存関係の多くをインストールします。このRを使用し、システムRを使用しないでください。 PATHは自動的アナコンダがインストールされた後に更新されますが、念のために、アナコンダを付加することを確認する必要があります。

setenv PATH /Users/myName/anaconda2/bin:$PATH 

それ新しくアナコンダ内に設置されなければならないRenvironファイルを、見つけることができるrpy2重要 。私は（私はちょうどそれがスポットライトを使用して検索）ここで鉱山を発見した：私は、その後rpy2がRenvironを見つけることが必要であることをR_HOME変数に作ら

/Users/myName/anaconda2/lib/R/ 

。私も自分のユーザー名を指定：

setenv R_HOME /Users/myName/anaconda2/lib/R/ 
setenv R_USER myName 

（which Rが/Users/myName/anaconda2/bin/R/を返すことに注意してください、これはR_HOMEではありません。これは、年齢のために私を倒してしまいました。）。

Answer 2

これは私のコンドームの問題のようです（ビルド時にlzmaが存在しますが、実行時には行方不明）。それを達成するための

Is there any way to get rpy2 to work with Jupyter notebook these days?

おそらく1つより多くの方法が、フロントページ（http://rpy2.bitbucket.org/）上に述べたドッキングウィンドウコンテナは、1つのステップで一緒にすべてのピースを得ています。