- 序文としてsortBam

Question

は、私はR.

私はパッケージRsamtoolsを扱ってるの使用に非常に新たなんだ、と私はバムのファイルをソートしようとしています。

bamfiles <- list.files(fileDir, pattern = "\\.bam", full.names = TRUE) 

ファイルパスを含むFILEDIRは=目的：私は5 bamfilesを含むR-オブジェクトを有する

sortBam(file, destination, ...). 

：私は、次の情報が必要sortBam（）コマンドを使用しています。

私が行う方法がわからないのは、5つのソートされていないbamファイルのそれぞれが独自の出力ファイルを取得するように、出力先ファイルを設定することです。例えば。 file1.bam - > file1.sorted.bam ... file5.bam - > file5.sorted.bam。私は周りを検索してきたし、答えを見つけていない（または認識していない）ので、どんな助けも高く評価されます。

は助け

Answer 1

いただきありがとうございます、3つの異なるディレクトリに3 BAMファイルがあるとします。 sortBamとして

bams <- list.files(".", patter="*.bam", full=T, recur=T) 
bams 
# [1] "./d1/100.bam" "./d2/11.bam" "./d3/28.bam" 

は1時間だけソート1 BAMファイルは、次の3つのBAMファイルをループにforを使用することができます。

まず、適切な宛先を設定します。

des <- gsub("bam", "sorted", bams) 
des 
# [1] "./d1/100.sorted" "./d2/11.sorted" "./d3/28.sorted" 

ソート一部：

for (i in 1:length(bams)) { 
    sortBam(bams[i], des[i]) 
} 

ディスク上の結果ファイル。

ll -htr * 
d1: 
total 72K 
-rw-rw-r-- 1 35K Apr 8 2016 100.bam 
-rw-rw-r-- 1 35K Apr 8 2016 100.sorted.bam 

d2: 
total 64K 
-rw-rw-r-- 1 30K Apr 8 2016 11.bam 
-rw-rw-r-- 1 31K Apr 8 2016 11.sorted.bam 

d3: 
total 80K 
-rw-rw-r-- 1 40K Apr 8 2016 28.bam 
-rw-rw-r-- 1 40K Apr 8 2016 28.sorted.bam