rのラスタ関数を効率的に使用

Question

SpatialPointsDataFrameオブジェクトに500以上のポイントがあります。私は1.7GB（200,000行×200,000列）rasterオブジェクトを持っています。私は500 +ポイントのそれぞれの周りのバッファ内のラスターセルの値の集計をしたい。

私は以下のコードでそれを達成できました（私は多くのインスピレーションを受けましたfrom here）。しかし、それは実行が遅く、私はそれをより速く走らせたいと思います。実際には、「小さな」幅のバッファ、例えば5kmの場合は15km（1百万個のセル）でもOKですが、バッファが100km（約4200万個のセル）に増加すると非常に遅くなります。

applyファミリからのものやパラレルループを使用すると、以下のループで簡単に改善できます。しかし、私の疑問は、rasterパッケージがループの各相互作用に対して400Mb +一時ファイルを書き込むため、遅いことです。

# packages 
library(rgeos) 
library(raster) 
library(rgdal) 

myPoints = readOGR(points_path, 'myLayer') 
myRaster = raster(raster_path) 

myFunction = function(polygon_obj, raster_obj) { 
    # this function return a tabulation of the values of raster cells 
    # inside a polygon (buffer) 

    # crop to extent of polygon 
    clip1 = crop(raster_obj, extent(polygon_obj)) 

    # crops to polygon edge & converts to raster 
    clip2 = rasterize(polygon_obj, clip1, mask = TRUE) 

    # much faster than extract 
    ext = getValues(clip2) 

    # tabulates the values of the raster in the polygon 
    tab = table(ext) 

    return(tab) 
} 

# loop over the points 
ids = unique(myPoints$ID) 
for (id in ids) { 

    # select point 
    myPoint = myPoints[myPoints$ID == id, ] 

    # create buffer 
    myPolygon = gBuffer(spgeom = myPoint, byid = FALSE, width = myWidth) 

    # extract the data I want (projections, etc are fine) 
    tab = myFunction(myPolygon, myRaster) 

    # do stuff with tab ... 
} 

私の質問：

1. 私は右の部分的に書き込み動作を非難するだろうか？私がこれらすべての書き込み操作を避けることができれば、このコードはより速く実行できますか？ 32GBのRAMを搭載したマシンにアクセスすることができます。rasterをメモリにロードして一時ファイルを書き込む必要がないと想定するのは安全でしょうか？

2. このコードの効率を改善するために他に何ができますか？

   私はあなたがこの

   library(raster) 
   library(rgdal) 
   myPoints <- readOGR(points_path, 'myLayer') 
   myRaster <- raster(raster_path) 
   e <- extract(myRaster, myPoints, buffer=myWidth) 
   

   のようにそれに近づく。そして

   etab <- sapply(e, table) 
   

   ような何かする必要があり、我々はあなたについて十分に知っていないとあなたの質問の1位に答えるのは難しいと思い

Answer 1

データ（どのように多くの細胞が "100km"バッファに覆われているかわからない）。しかし、rasterOptions機能でファイルに書き込むタイミングについてのオプションを設定することができます。あなたはリンク先の投稿に基づいてgetValuesが抽出よりも速いことに気づきましたが、間違っているとか、少なくともそれほど重要ではないと思います。 crop,rasterizeおよびgetValuesの組み合わせは、extract（これはほぼ完全にフードの下にある）と同様のパフォーマンスを持つ必要があります。とにかくこのルートを使用する場合は、高速クロッピングのためにraster(myRaster)で作成された空のRasterLayerを渡す必要があります。