Python：サブプロセスでエコーする

Question

pythonスクリプトからqsubにタスクを割り当てようとしています。

は、これまでのところ、私はいつものqsub提出するため、このような表現を使用されています：

echo "python script.py arg1 arg2" | qsub 

私はpythonでこのコマンドを再現してみました：

command = 'echo "python sub_master_script.py ' + str(i) + ' ' + path + '" | qsub -pe make 5 -N Teaching_' + str(i) + ' -cwd' 
subprocess.call(shlex.split(command)) 

commandは私が通常使用するコマンドを運びますが、私はPythonスクリプトを起動すると、単純なechoと解釈されます。

、代わりに新しいジョブを開始する

、私はこれがコンソールに書き込まれます：

python sub_master_script.py 0.75 /data5/bio/runs-galkin/Iterative/test_OTU.txt | qsub -pe make 5 -N Teaching_0.75 -cwd 

この問題が発生したのはなぜ？どうすればそれを動作させることができますか？

Answer 1

あなたはシェル機能を大量に使用していますが、主に2つのプロセスをパイプして実行します。

subprocess.call(shlex.split(command),shell=True) 

はクイックフィックスです。それをやっての

適切な方法は、（echo python ...をシミュレートするため）及び（チャールズが必要な場合は、文字列が適切に引用されていることを確認するために、コメントとしてpipes.quoteを使用して）shell=Trueをドロップcommunicate介して入力を提供し、1つのsubprocess.Popenインスタンスを使用することです

import pipes 
input_string = "python sub_master_script.py {} {}\n".format(*(map(pipes.quote,[str(i),path]))) 

p = subprocess.Popen(['qsub','-pe','make','5','-N','Teaching_{}'.format(i),'-cwd'],stdin=subprocess.PIPE) 
out,err = p.communicate(input_string)