phyloxml系統樹の縮合

Question

私は、phyloxml形式の系統樹を凝縮しようとしています（すべての葉に同じラベルが付いているクレードを簡素化しようとしています）。 NewickのUtilsのと呼ばれるプログラムは、このツリーを凝縮、Newickのフォーマットの木でこれを行うことは非常に便利です。

この一つに

Original Tree

：

Condensed tree

私は最終的に私を分割しようとしていたよう遺伝子ツリーを各重複ノードのすべてのサブツリーに入れることは、情報を失うことなくサブツリーの数を減らすのに有効な方法です。

誰でもphyloxmlツリーでこれを行う方法を知っていますか？ Newick UtilsはNewick形式しか受け付けないので、Biopythonを使ってphyloxml形式を解析する方法が必要です。ありがとう。

Answer 1

迅速な答えとして、あなたは非常に簡単にNewickのにphyloxmlを変換することができます。

from Bio import Phylo 

Phylo.convert("original.xml", "phyloxml", "converted.newick", "newick") 

は今、あなたは木を凝縮するために、あなたのNewickのUtilsのを呼び出すことができます。

for clade in tree.find_clades(): 
    if clade.count_terminals() > 1: 
     leafs = clade.get_terminals() 
     if len(set([t.name for t in leafs])) == 1: 
      # All the leafs in this clade have the same name. 
      # Cut them all except the first one. 
      for leaf in leafs[1:]:        
       tree.prune(leaf) 

は、理想的には、新たに剪定された木を返す関数では、上記のコードを配置します、そして、すべての関数を呼び出す：あなたは、彼らが同じ名前を持っているとき葉を削除したい場合は

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葉を剪定する時間。