ヒートマップ2の色範囲を調整する方法

Question

R言語を使用してヒートマップをプロットしようとしています。

ヒートマップグラフをプロットした後、カラーキーの範囲がうまく調整されていないため、私のヒートマップが解釈に適さないことがわかりました。

以下に示すように、カラーキーの範囲はデータの分布に比べて非常に長くなっています（0〜4の間）。したがって、ヒートマップのすべての色は緑色でした。この問題を解決する方法

？

以下は私のコードです。 （私は解決策を検索してみましたが、私は私の場合のために適切なスレッドを見つけることができませんでした。）

library(gplots) 
matrix <- as.matrix(read.delim("bladder",header=FALSE)) 
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete") 
distfunc <- function(x) dist(x, method="euclidean") 
cl.col <- hclustfunc(distfunc(t(matrix))) 
gr.col <- cutree(cl.col, 4) 
heatmap.2(as.matrix(matrix),col=greenred(75),dendrogram=c("col"),trace="none",Rowv=FALSE,margins = c(8,16),cexRow=0.60,cexCol=0.8) 

Answer 1

次の例では、正しい長さにnを設定していることを確認してください：

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "blue", "green"))(n = 100) 

heatmap.2(as.matrix(matrix), col=my_palette, 
    breaks=colors, density.info="none", trace="none", 
     dendrogram=c("row"), symm=F,symkey=F,symbreaks=T, scale="none")