「その他」（ggplot2を使用）を含むR積み重ね棒グラフ

Question

3つの異なる季節に2つの場所で分類群の量を記述する積み重ねたバカルートを作りたいと思います。私はggplot2を使用しています。プロットを作るのは大丈夫ですが、私は48の分類群を持っていますので、バーにはさまざまな色がたくさんあります。頻繁かつ豊富に発生する分類群が8つしかないので、他の分類群を「その他」にグループ化してプロットしたいと考えています。

私のデータは次のようになります。

y <- rowSums(invert[6:54]) 
x<-invert[6:54]/y 
x<-invert[,order(-colSums(x))] 

#Extract list of top N Taxa 
N<-8 
taxa_list<-colnames(x)[1:N] 

#remove "__Unknown__" and add it to others 
taxa_list<-taxa_list[!grepl("Unknown",taxa_list)] 
N<-length(taxa_list) 

#Generate a new table with everything added to Others 
new_x<-data.frame(x[,colnames(x) %in% taxa_list], 
       Others=rowSums(x[,!colnames(x) %in% taxa_list])) 
df<-NULL 
for (i in 1:dim(new_x)[2]){ 
    tmp<-data.frame(row.names=NULL,Sample=rownames(new_x), 
    Taxa=rep(colnames(new_x)[i],dim(new_x) [1]),Value=new_x[,i],Type=grouping_info[,1]) 
    if(i==1){df<-tmp} else {df<-rbind(df,tmp)} 
} 

グラフをプロットするには：

SampleID  TransectID  SampleYear  Season  Location Taxa1  Taxa2  Taxa3 .... Taxa48 
BW15001    1   2015  fall  SiteA   25   0   0   0 
BW15001    2   2015  fall  SiteA   32   0   0   2 
BW15001    2   2015  fall  SiteA   6   0  45   0 
BW15001    3   2015  fall  SiteA   78   1   2   0 

これは私が（hereから変更）しようとしたものです

colours <- c("#F0A3FF", "#0075DC", "#993F00","#4C005C","#2BCE48","#FFCC99","#808080","#94FFB5","#8F7C00","#9DCC00","#C20088","#003380","#FFA405","#FFA8BB","#426600","#FF0010","#5EF1F2","#00998F","#740AFF","#990000","#FFFF00"); 

library(ggplot2) 
p<-ggplot(df,aes(Sample,Value,fill=Taxa))+ 
    geom_bar(stat="identity")+ 
    facet_grid(. ~ Type, drop=TRUE,scale="free",space="free_x") 
p<-p+scale_fill_manual(values=colours[1:(N+1)]) 
p<-p+theme_bw()+ylab("Proportions") 
p<-p+ scale_y_continuous(expand = c(0,0))+ 
    theme(strip.background = element_rect(fill="gray85"))+ 
    theme(panel.spacing = unit(0.3, "lines")) 
p<-p+theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust=1,vjust=0.5)) 
p 

メイン私が今日援助したいと思う問題は、主要な分類群を引き出し、残りを「その他」とすることです。私は、後でfacet_grid（）を使って季節と場所でグラフをグループ化する方法を考え出すことができると思います...

ありがとう！それをやっての

Answer 1

一つの方法：

library(plyr) 
d=data.frame(SampleID=rep('BW15001',4), 
      TransectID=c(1,2,2,3), 
      SampleYear=rep(2015,4), 
      Taxa1=c(25,32,6,78), 
      Taxa2=c(0,0,0,1), 
      Taxa3=c(0,0,45,3)) 
#Reshape the df so that all taxa columns are melted into two 
d=melt(d,id=colnames(d[,1:3])) 
d$variable=as.character(d$variable) 

# rename all uninteresting taxa as 'other' 
`%ni%` <- Negate(`%in%`) # Here I decided to select the ones to keep, but the other way around is fine as well of course 
d[d$variable %ni% c('Taxa1','Taxa2'),'variable']='Other' #here you could add a function to automatically determine which taxta you want to keep, as you already did 

# aggregate all data for 'other' 
d=ddply(d,colnames(d[,1:4]),summarise,value=sum(value)) 

#make your plot, this one is just a bad example 
ggplot(d,aes(SampleID,value,fill=variable))+ 
    geom_bar(stat="identity")+ 
    facet_grid(. ~ Type, drop=TRUE,scale="free",space="free_x") 

Answer 2

私のコメントに拡大。 forcatsパッケージをご覧ください。完全な例がなければ、それは言うのは難しいのですが、以下は動作するはずです：

library(tidyverse) 
library(forcats) 

temp <- df %>% 
    gather(taxa, amount, -c(1:5)) 

# Reshape the data so that that there is one record per each amount 
tidy_df <- temp[rep(rownames(temp), times = temp$amount), ] 

tidy_df %>% 
    select(-amount) %>% 
    mutate(taxa = fct_lump(taxa, n = 2)) %>%  # Check out this line 
    ggplot(., aes(x = SampleID, fill = taxa)) + 
    geom_bar() 

あなたはグループにfct_lump(taxa, n = 8)にトップ8カテゴリをfct_lump(taxa, n = 2)を変更することができます。また、fct_lump(taxa, prop = 0.9)を使用すると、物事を一定割合で整理することができます。あなたは、単に（値または量をしていない）サンプル中分類群の「存在」の後に予定している場合

、物事は少し単純で、おそらく1本のパイプで扱うことができます。

df %>% 
    gather(taxa, amount, -c(1:5)) %>% 
    mutate(amount = na_if(amount, 0)) %>% 
    na.omit() %>% 
    mutate(taxa = fct_lump(taxa, n = 2)) %>% 
    ggplot(., aes(x = SampleID, fill = taxa)) + 
    geom_bar()