複数密度曲線を1つのプロットに重ねてRで描画する方法

Question

私はthisのようなデータを持っています。

そして私は、1つのプロットに複数の濃度曲線を作成するつもりです。ここでは、各曲線 が一意のIDに対応しています。

私はこのコードで "sm"パッケージを使用しようとしましたが、成功しませんでした。

library(sm) 
dat <- read.table("mydat.txt"); 
plotfn <- ("~/Desktop/flowgram_superimposed.pdf"); 
pdf(plotfn); 

sm.density.compare(dat$V1,dat$V2, xlab = "Flow Signal") 
colfill <- c(2:10); 
legend(locator(1), levels(dat$V2), fill=colfill) 

dev.off(); 

それを行うには正しい方法です何かアドバイスしてくださいまたはそれを行うには 別の方法がある場合は？

私は最後にこの種のプロットを取得しようとしています。 figure http://img524.imageshack.us/img524/2736/testl.png

Answer 1

ggplot2を使用してみてください：

スパゲッティコード方式でベースのグラフィックスを使用して

dnow <- read.table("http://dpaste.com/88561/plain/") 
library(ggplot2) 
qplot(V1, colour=factor(V2), data=dnow, geom="density") 

Answer 2

：

plot.multi.dens <- function(s) 
{ 
junk.x = NULL 
junk.y = NULL 
for(i in 1:length(s)) 
{ 
junk.x = c(junk.x, density(s[[i]])$x) 
junk.y = c(junk.y, density(s[[i]])$y) 
} 
xr <- range(junk.x) 
yr <- range(junk.y) 
plot(density(s[[1]]), xlim = xr, ylim = yr, main = "") 
for(i in 1:length(s)) 
{ 
lines(density(s[[i]]), xlim = xr, ylim = yr, col = i) 
} 
} 
dnow <- read.table("http://dpaste.com/88561/plain/") 
library(sqldf) 
x <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==0")) 
y <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==1")) 
z <- unlist(sqldf("select V1 from dnow where V2==2")) 
plot.multi.dens(list(x,y,z)) 
library(Hmisc) 
le <- largest.empty(x,y,.1,.1) 
legend(le,legend=c("x","y","z"), col=(1:3), lwd=2, lty = 1) 

Answer 3

私は自分自身がマイクロアレイデータを見ると、このに多くを行うために必要が見つかったので、私これを、github：ARE.utils、特にplot.densitiesの関数で保持しているユーティリティコードのライブラリの一部としてロールアップしました。あなたが独自に作成し、その関数からインスピレーションを取る、またはちょうどそれを全体の売却を取ることができるように

それはベースのグラフィックスを使用しています（ただし、そのライブラリ内のいくつかの他の機能に依存しています）：

1. create.densities、どのデータのリスト/行列/等を密度のリストに変換する。
2. match.dim（次元「名前」を数値軸に変換する）関数です。

（パッケージ全体をインストールすることもできますが、私はそこにある関数がいくつかの後方互換性のない方法で変更されることは約束していません）。

このような機能を記述するのは難しいことではありませんが、関数が軸やものに正しい範囲を選択していることを確認してください。

library(ARE.utils) 
# Create a matrix dataset with separate observations in columns 
dat <- matrix(c(rnorm(100), rnorm(100, mean=3), 
       rnorm(100, mean=3, sd=2)), 
       ncol=3) 
# Plot them 
plot.densities(dat, along='cols') 

自分の色と同じ軸上に3つの異なる密度のプロットを作成します。とにかく、あなたは、このようなコードを使用します。

Answer 4

また、格子パッケージを使用してこれを解決することもできます。

require(lattice) 
dnow <- read.table('http://dpaste.com/88561/plain/') 
densityplot(~V1, groups=V2, data=dnow)