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ビーガンパッケージにはモデル構築用のordiR2step()関数が含まれています。これはR2を使用して最も重要な変数とp値をフィットの良さとして識別するために使用できます対策。しかし、私が最近取り組んでいるデータセットでは、この関数はベストフィットモデルを提供しません。 # data RIKZ <- read.table("http://www.uni-koblenz-landau.de/en/

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ビーガン：RDA

の大幅な軸Iはphytocoenologicalrelevésのデータフレームを持っている：行はサイト列を表し、私はvegan機能rda(matrix ~ 1)を使用して、その上にRDAを実行種を表します。今私は儀式の軸summary(rda)$sitesを持っていますが、どれが重要であるかを知る方法はありますか？私は別の指導方法を使用すると、これらのアプローチが異なるでしょうか？ありが

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Rのアドニで有意な数字を変更しますか？

Rのadonis関数は、出力p値に3つのsig-figsがデフォルト設定されているようです。これは、より高いシグネチャが出力されるように変更できますか？

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データのサブセットのベクトルを含むジョイントプロット

私は、Rパッケージ、ビーガンを使用してコミュニティデータからNMDSアラインメントプロットを生成しています。選択したものの重要度に対応する長さのベクトル種。表示されている矢印を、データの上位4分の1にある種に限定するにはどうすればよいですか？私は各ベクトルの長さを計算することができますが、希望の標準に合った矢印に印刷する矢印をどのように制限するかはわかりません。例えば、 require(vegan

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は、コンソールのものと異なっている - R

私はBiodiversityRパッケージからCAPdiscrim機能の分類成功率を保存しようとしています。 CAPdiscrimためのビネット（https://www.rdocumentation.org/packages/BiodiversityR/versions/2.7-2/topics/CAPdiscrim）が分類成功率を取得する方法の例を示します： library(Biodiversit

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metaMDS procrustesの回転を解釈する

metaMDSの機能がveganで機能していますので、最初の軸に最も分散が大きいと言えますか？そうでない場合は、これを達成する方法がありますか？ Run 20 stress 0.09957583 ... Procrustes: rmse 0.0001349268 max resid 0.0009665635 ... Similar to previous best procrustesデー

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envfitをさまざまな大きさのベクトルで使用するR

ビーガンパッケージでenvfitを使用する場合、各パラメータの大きさは重要ですか？私は2つのデータフレームがあります。 bwsp：無脊椎動物の存在量 bwenv：私のパラメータの5つの環境パラメータ（距離、深さ、流れ、クロロフィル、フェオフィチン）三は、同様の大きさを持っているし、そして他の2つは2〜3桁小さい。小さなパラメータはMDSプロットには表示されません。 m <- metaMDS(b

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R：サイトの色が異なるPCAプロット

私は最近データを分析しようとしていますが、グラフを少し上手くしたいのですが、私はこれで失敗します。私は144サイトと5つの環境変数を持つデータセットを持っています。それは基本的に島周辺の基質組成と魚の豊富さに関するものです。この島では、南北の基質組成に違いがあると考えられています。今、私はpcaをやっていますが、biplot関数ではかなりうまく動作しますが、プロットを少し変更したいと思います。

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立方体のポリゴンの面積はNaNです - なぜですか？

私はRでVeganパッケージで作成されたNMDSプロットに楕円を追加しようとしていますが、コードはエラーなく処理されますが、グラフにはポリゴンが描画されません。 summary（）関数を使用した後、ポリゴンの面積がNaNであることがわかりました。なぜポリゴンが描画されないのですか？私はなぜ私がエリアを持っていないのか分かりません - それは私のデータと何か関係ありますか？私のデータはここで見つけ

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どのように多くの変数がCCAのためにあまりにも多いのかを決定しますか？

私は約50のサイトと数百の種でいくつかの生態系データのCCAを運用しています。私はあなたの説明変数の数があなたのサンプル数に近づくときに注意する必要があることを知っています。私は23の説明変数を持っているので、これは私にとっては問題ではありませんが、あまりにも多くの説明変数を使用すると、CCAを「制限解除」することができます。いくつの説明変数が適切であるかについてのガイドラインはありますか？これ