suffix-tree

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フラグメントのセットからアダプター配列を推定する

特定のアダプターフラグメントを使用してDNA配列決定から生成されたストリングのセットSがあります。これは、S内のすべての文字列が、アダプター配列の接頭辞にほぼ一致する接尾辞を含むことを意味します。どのようにして、集合SのみがSを生成するために使用される最も可能性の高いアダプター系列を推定することができるか？ セットSは非常に大きく、それぞれが50文字の長さの約100万のフラグメントです。私はセット

algorithm bioinformatics suffix-tree 2016-10-29

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少なくともk個のオカレンスを持つ最長繰り返し部分文字列

最長繰り返し部分文字列を見つけるためのアルゴリズムは、次のように書かれています 1)build the suffix tree 2)find the deepest internal node with at least k leaf children しかし、なぜこのアルゴリズムが正しいのか理解できません。アルゴリズムでは、O（n）に繰り返し部分文字列があると言いますが、nは部分文字列の長さです

string algorithm suffix-tree suffix-array longest-substring 2016-11-15

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OOP/C++を使用して接尾辞トライを実装する

私はプログラミング割り当てのためにC++で接尾辞トライを実装しようとしています。今私は正しいアイデアを持っていると思うが、セグメンテーション・フォルトが発生し続けているため、その原因を見つけることができなかった。 この割り当てでは、VIM /その他の基本的なテキストエディタを使用し、コンソールからプログラムをコンパイルすることをお勧めします。それにもかかわらず、私はエラーを見つけることができるよう

c++ oop clion suffix-tree suffix 2017-01-09

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サフィックスツリーのサフィックスリンクは、aho-corasickオートマトンの障害エッジと同じですか？

もしそうなら、誰かが正確な文字列照合のためにサフィックスツリーのサフィックスリンクの目的を説明することができますか？

algorithm suffix-tree aho-corasick 2016-10-04

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C++でサフィックスツリーを実装しているときのポインタの問題

オンラインでいくつかの例を見て、C++を使ってサフィックスツリーを実装しようとしていました。私はポインタの問題に遭遇しており、私はそれを修正することができません。どんな助けでも大歓迎です。 /* * Implement suffix array to print the maximum suffix substring in a string * Algorithm: * Build a s

c++ suffix-tree 2016-07-08

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サフィックスツリーから元の文字列を効率的に取り出す方法は？

文字列の接尾辞ツリーがあり、接尾辞ツリーがukkonenの接尾辞ツリーでない場合、つまり、エッジラベルが文字列である通常の接尾辞ツリーが与えられます。どのように効率的にそのサフィックスツリーから元の文字列を取得するには？

string algorithm suffix-tree 2016-10-21

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最大最大繰返し部分文字列

部分文字列の長さは1,2,3 ... です。解決しようとしていた問題は、最大回数発生した部分文字列を見つけることでした。だから、それは基本的に最大頻度を持つキャラクターを見つけることに踏み切った。 しかし、私はO（n）のサフィックスツリーを使って最も長い繰り返し部分文字列を見つけることができることを発見しました。 しかし、接尾辞ツリーは長さを優先順位として保持する部分文字列を返します。 最も頻繁に

c++ string algorithm substring suffix-tree 2016-07-14

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最も一般的な部分文字列を見つける一般的なサフィックスツリートラバーサル

私はサフィックスツリーを扱っています。私が知る限り、任意の数の文字列から一般化されたサフィックスツリーを構築するためにUkkonenのアルゴリズムを正しく実行しています。私は今、正確にそれを行う方法find_longest_common_substring()を実装しようとしています。これがうまくいくためには、ツリー内のすべての文字列の間で、最も深い共有エッジ（エッジではなく文字の点での深さ）を見

c++ algorithm tree suffix-tree 2017-08-19

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は接尾辞木の頂点の数だ文字列sの接尾辞木は、Oで囲まれていると私は、次の操作を行うことができますどのよう

と機能-K-部分文字列です - サブストリング（r） - ストリングrがsのkサブストリングであるかどうかを検査する。ここで、kサブストリングは次のように定義される。 sのサブストリングrは、サブストリングにsのパーティションがある場合は、文字列： r = x1x2 ... xk; xi = sの部分文字列。 例：s = whitething、r = within、rはsの3-sub-string

algorithm substring time-complexity complexity-theory suffix-tree 2017-04-02

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サフィックス配列がサフィックスツリーよりも少ないスペースを使用する理由は何ですか？

私は私のプロジェクトのための接尾辞配列とサフィックスツリーについて研究しています。ユハKarkkainenとピーターによる1993年 「単純な線形作業接尾辞配列の構築」 - Manberとマイヤーズ： 「オンライン文字列検索のための新しい方法接尾辞配列：」のようないくつかの論文で 「接尾辞配列の利点はサフィックスツリーより少ないスペースを使用して」： - サンダース2003 は、著者がいることを言

data-structures suffix-tree suffix-array 2017-12-08

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