sparse-matrix

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私は単一細胞RNA配列決定によって得られた発現行列で働いているが、私は1人のチームメイトが私を送ったRコードに関連する疑問を持っている...理論的には sort(unique(1 + slot(as(data_matrix, "dgTMatrix"), "i"))) # there isn't more details in the code... は、この機能は削除することです非発現遺伝子

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Pandas DataFrameをLIBFM形式のtxtファイルに変換する

pythonのPandasデータフレームをLIBFM形式の疎行列txtファイルに変換したいとします。ここ形式は次のように見ている必要があります 4 0:1.5 3:-7.9 2 1:1e-5 3:2 -1 6:1 このファイルには、3例が含まれています。第1の列は、3つの場合のそれぞれの目標を示す。すなわち、第1の場合は4、第2の場合は2、第3の場合は-1である。ターゲットの後には、各行

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scipyの置換えなしでゆっくりランダムなサンプル生成

ランダムなハッシュマップh：[n] - > [t]の疎行列表現を作成しようとしています。これは各iをを利用可能なd個の位置それらの場所の値は、いくつかの離散分布から引き出されます。ここで :param d: number of bins :param n: number of items hashed :param s: sparsity of each column :param dist

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不正な次元sciKitラッソを学ぶ

私はAx = bの解を見つけようとしていますが、Aは次元3x1、xは次元1x2、bは次元3x2です。私はまた、xが疎であることを望みます。 from sklearn.linear_model import Lasso clf = Lasso(alpha=.01) A = np.array([[0], [1], [2]]) b = np.array([[0,1],[1,4],[6,2]])

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R - 関数（または変更パッケージの優先順位）をリロードする方法

私はスパース行列で動作するように行列ライブラリを使用しています。時々、S4Vectorsライブラリに依存するBioconductorパッケージを使用する関数を実行する必要があります。残念ながら、Matrixの "colSums"関数はS4Vectorsの "colSums"関数と競合します。したがって、この関数を実行すると、実際には迷惑な "colSums"関数が壊れます。しかし、私はめったにこの

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"dgTMatrix"の行/列のリサイズ

現在、特定のスパース行列を乗算する必要があるプロジェクトに取り組んでいます。パッケージ「Matrix」パッケージでRで作業しています。「対角線」または単に「行列」などのコマンドで行列を作成します。マトリックスBクラスddiMatrixでありながら A <- Diagonal(10) B <- kronecker(Matrix(diag(10)),t((rep(1,10)))) C <-

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Eigen fill up Sparse Rowトリプレット付きの主要行列

私はSparse RowMajor行列を埋めることを試みています。ガイドに従って、私はトリプレット法を使用していました：しかし、この方法では空の行列が生成されます。私は、トリプレットリストメソッドでRowMajor行列を満たす例を見つけることができませんでしたが、それは可能ですか？ #include <iostream> #include <Eigen/SparseCore> #include

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Tensorflow関数でスパース行列引数を使用する

Tensorflowを初めて使用しています。私は、PythonでTensorflowを使って、疎な行列入力で動作する関数を記述しようとしています。通常はテンソルフローのプレースホルダーを定義しますが、スパース行列のプレースホルダーはありません。テンソルフローのスパースデータで動作し、値を渡す関数を定義する適切な方法は何ですか？具体的には、ここではhttps://github.com/aymer

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シャドリング時のセグメンテーションフォールトcsr_matrix

私はシェイプ（40000000,1600000）のcsr_matrixを持っています。 index = np.arange(np.shape(csr_matrix)[0]) np.random.shuffle(index) csr_matrix_new = csr_matrix[index, :] しかし、エラーを取得する「セグメンテーションフォールト」：私はこの行列をシャッフルするには、以下のメ

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いくつかのゼロを使用して行列のランクを減らすにはどうすればいいですか？

私はrank> 1の行列を扱っています。行列のランクをランク= 1に減らして、いくつかの値をゼロに置き換えることは可能ですか？