skbio

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圧縮ファイル（FASTA bz2など）から読み込むことはできますか？私は通常skbio.sequence.Sequence.readを使用しますが、このオプションは表示されません。ありがとうございます！

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scikit-bioを使用してfastq形式のテキストファイルを読み込もうとしています。かなり大きなファイルであるため、操作の実行は非常に遅いです。最終的に、私は辞書にFASTQファイルをdereplicateしようとしています：時間の f = 'Undetermined_S0_L001_I1_001.fastq' seqs = skbio.io.read(f, format='fastq'

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scikit-bioはgff3ファイルのゲノム特徴を抽出する

gik3フォーマットファイルに保存されたゲノム特徴をゲノムファストファイルから抽出することはscikit-bioで可能ですか？例： genome.fasta >sequence1 ATGGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGGCAGCATACGCATCGACATACGACATACATCAGATACGACATACTACTACTATGA annotation.gff3 #gff-versio

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`skbio` PCoA（Principal Coordinate Analysis）の結果を得る方法は？

私はattributesをskbio'sPCoA（以下に記載）の方法で探しています。私はこの新しいAPIに新しく、を得て、.fit_transformのsklearn.decomposition.PCAに似た新しい軸に投影された元の点が得られるように、PC_1 vs PC_2スタイルのプロットを作成することができます。私はeigvalsとproportion_explainedを得る方法を考え出し

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skbioでTabularMSAで使用するためのファイルハンドルを開く

skbioチームがいます。だから私はDNAまたはRNA MSAを許可する必要があります。私が次のことをするときに、alignment_fh.close（）を省略した場合、skbioはexceptブロック内の 'non header'行を読み込んで最初にファイルを閉じる必要があると思うようになりますが、 alignment_fh.close（）ファイルを読み取ることができません。私はさまざまな方法