runjags

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非常によく混じった2つのチェーン（チェーン1と3）とチェーン2（チェーン2）を持つrunjagsオブジェクトがあります。チェーン1と3だけを含むようにrunjagsオブジェクトをトリミングするにはどうすればいいですか？ランナーを使ってJAGSモデルを生成するという再現可能な例があります（ここでチェーンはよく混在していますが）。 trim.jags <- as.mcmc.list(jags.out

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runjagsトラブルぎざぎざを見つける - エラー「が見つかりません『』」でもjagspath

を設定した後runjagsが突然（バージョン2.0.3-2に更新後の）エラーを発行し、トラブルぎざぎざのバイナリを見つけることているようだ： [1] "Error in system(\"where jags\", intern = TRUE) : 'where' not found\n" attr(,"class") [1] "try-error" attr(,"condition")

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runjagsの大きなモニタリスト

runjagsでは、非常に多くの値を監視しようとしています。モニタリストのフォーマットは値の文字列です。この場合、私は3、Y [14]、Y [15]、Y [3]をmoitorにするよう求めています。 run.jags(model="model.MC.txt",data=list(Y=Y.NA.Rep,sizes=sizesB,cumul=cumul), monitor=c("the

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JAGSの階層モデルをR

に指定しています。依存関係のあるベクトルyには、共変量x1とx2の関数としてモデル化できるデータがあります。 yおよびx1が「プロット」レベルで観察され、x2が「サイト」レベルで観察される。プロットはサイト内で階層的にネストされます。関連する共変量データを伴うyの100回の観察があります。 #generate covariate data at plot and site scales. x1

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run.jagsデータの検索環境

データブロックとデータ=引数を持つモデルでは、run.jags（）の直感的な動作がいくつか発生しています。実際のモデルではrun.jagsにdata引数を使用しているように見えますが、データブロックで使用されているものがないか環境を検索しています。ここでは非常に単純なモデルの例である： data { ylen <- length(y) } model { for (i in

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JAGSモデル実行後のバーンイン期間延長R

R用runjagsパッケージは素晴らしいです。並列機能とextend.jags機能を使用する能力は、私の人生をはるかに良くします。しかし、モデルを実行した後に、バーンインフェーズが長くなっているはずであることが分かりました。 run.jags出力から余分なサンプルをトリミングするにはどうすればよいですか？パラメータの分布を再推定し、コンバージェンスをチェックできますか？あなたは事後分布から余分なサ