pubmed

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これは長い間巻き込まれているので、私と一緒に裸にしてください。 entrez_fetchは一度に特定の番号しか実行できないため、私は2000個のPMIDをいくつかのベクトル（長さがそれぞれ約500）で1つのリストに分解しました。。私がPubMEDを照会すると、各出版物のXMLファイルから情報を抽出しています。私は終わりにしたいと思いますが、このようなものです： Original.PMID Pu

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データフレーム内のデータフレーム内の行をR内のデータフレーム内に抽出する

PubMedから情報を取得するために、RでRISを使用しています。 'Mesh'パッケージ関数は、各引用のMeSH項を得ることを可能にします。それにもかかわらず、データフレームを含むリストです。対応する引用ID（PMID）の他に、各MeSH用語をリストしたいと思います。例えば、私は、両方の値を含むテーブルを構築することができる： table = cbind(ArticleId(MedlineO

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BioPythonを使用してPMCフルテキストをディスクに自動的に保存する方法は？

Entrezモジュールがローカルディスクに返すXMLファイルをダウンロードして保存する方法はありますか？私は現在やっていることは次のとおりです。そして、Pythonの書き込み機能により、XMLファイルとして strオブジェクトである articleを保存 fetch = Entrez.efetch(db='pmc', resetmode='xml', id=id

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PubMed XMLを使用して、rentrezのentrez_fetchを使用して構文解析を行います。

PubMedで検索用語の著者情報と記事情報を収集しています。私はをrentrezパッケージに使用して、著者名、出版年などの情報を正常に取得しています。以下の私のサンプルコードです： library(rentrez) library(XML) pubmedSearch <- entrez_search("pubmed", term = "flexible ureteroscope", retm

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MedlineオブジェクトからRISmedを使用して複数の著者アフィリエイトを取得

Medlineからのデータ（抽象/作成者/所属など）の自動取得にRISmed-Rパッケージを使用する際、Affiliation（）メソッドを使用して複数の所属を取得することはできません。複数のものが利用可能であっても、最初の著者の所属のみが検索されます。 https://www.nlm.nih.gov/bsd/mms/medlineelements.html#ad から、2014年12月以降、複数

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pubmedから最新の論文を入手する方法

これは少し具体的な質問ですが、誰かがこれを前にしていたに違いありません。 pubmedから最新の論文を入手したいと思います。ある科目についての論文ではなく、すべての科目についての論文ではありません。私は変更日（mdat）に応じて照会すると思った。私はbiopython.pyを使用しています。私のコードは次のようになります。 handle = Entrez.egquery(mindate='2015

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rentrezを使用してRでXMLファイルを解析する

私はXMLエキスパートではありません。私はrentrezを使用してXMLファイルを解析する際に問題が発生しています。私は出力として、各pmid（PubMedデータベースの記事ID）によって著者と所属を得ようとしています。私は、著者が複数の提携をしている場合を除いてうまくいくコードを持っています。著者が複数の提携をしている場合、列の長さfirst_names,last_names、およびaffili

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pubmedから抄録を取得するための高速かつ効率的な方法はありますか？

私は約2000のPubmed IDを言うための大きな科学的な抽象データをダウンロードしたいと思います。私のpythonコードはゆるやかで、むしろ遅い作業をしているようです。これらの要約を収穫するための迅速かつ効率的な方法はありますか？これが最速の方法であれば、私はそれを測定することによって、他の人や家庭と比較して仕事の状況（異なるISPがスピードで参加できるかもしれません）になりますか？以下の

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BiopythonのESearchは、私は次のコードを使用して、いくつかの記事を検索しようとしている私にフルIdList

を与えるものではありません：私は293279件の結果がある見ることができますrecord['Count']から handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="lung+cancer") record = Entrez.read(handle) が、私は唯一のrecord['IdList']でそれを見たとき私に20 IDを与える。何故ですか？ 29327

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UnicodeDecodeError Biopythonを使用してefetchから要約を取得する

最近、Biopythonを使用してPubmedから要約を抽出しました。私のコードは以下のようにのpython3で書かれている： from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # Always tell NCBI who you are def get_number(): #Get the total number o