genbank

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ゲノムのgbffファイルからメタデータを抽出

私は> 1000gbff.gzのゲノムファイルを持っており、それぞれからメタデータを抽出し、別々の列にメタデータエントリがあります。

metadata genetic genbank 2017-09-28

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biopythonを使用して、genbankファイルのシーケンスを新しいgenbankファイルに編集して保存するにはどうすればよいですか？

私が間違っている.gbkファイルを持っている、と私は 「Nuclotideの住所：正しいヌクレオチド」の形式は以下の修正リスト持っている私が開いて、正確に解析する方法を知っている 1:T 2:C 4:A 63:A 324:G etc... を list(SeqIO.parse(sys.argv[1], "genbank"))[0].seq 私は自分自身のヌクレオチド補正で置き換え

python biopython genbank 2016-04-07

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Pythonのfastaヘッダーの対応するGI番号からNCBIのアクセッション番号を取得

GenBankでGI番号を段階的に削除していて、次の形式でヘッダーを編集した場所にいくつかのfastaファイルが保存されています。 >SomeText_ginumber 次のように私はNCBIおよび出力から各GIのためのヘッダーを持つファイルを、対応するアクセッション番号を取得することができることを、理想的にはPythonで、私もこれで始めるには考えてきませんが、方法があります： >SomeT

python fasta ncbi genbank 2016-09-13

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のEntrezとSeqIO「ハンドルで見つかったレコードなし」

私のコードは次のようになります。 import re from Bio import SeqIO from Bio import Entrez Entrez.email = "[email protected]" # My e-mail address handle1 = Entrez.efetch(db="pubmed", id=pmid_list_2010, rettype="gb

python biopython genbank 2016-04-19

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awk二重スラッシュレコードセパレータ

"//"という文字列に基づいてファイルのRECORDSを分離しようとしています。 私が試したことはある： awk -v RS="//" '{ print "******************************************\n\n"$0 }' myFile.gb 「******」など、レコードが分割されていることを私に示すためだけのトレースです。 しかし、ファイルには/（それ

bash awk genbank 2016-03-23

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