chemistry

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私は2000の軌道ファイルを与えた分子動力学シミュレーションを実行しました。これらのファイルは、ファイル名の形式がau25-c2-benzalacetone.001（2000年まで）です。私は一般的なperlプログラムを作成しましたが、2000個のファイルを読み込むわけではありません。すべてのファイルを読み込み、各ファイルごとに個別に必要な座標を抽出するようにコードを変更するにはどうすればよいです

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regexpを使用して化学式の水素数を特定するにはどうすればよいですか？

化学式中の水素原子の数を特定するのに、どの表現を使用しますか？例えば： C40H51N11O19 - 51水素 C2HO - 1水素 CO2 - ない水素（空）任意の提案？ありがとうございます！乾杯！ follwowing桁とHと一致します

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Pythonを使用してProtein Data Bankから特定の.pdbファイルをダウンロードする

Protein Data Bankから.pdbファイルをダウンロードしようとしています。私はこれらのファイルを抽出するために以下のコードブロックを書いていますが、ダウンロードされているファイルにはWebページが含まれています。 #Sector C - Processing block: RefinedPDBCodeList = [] #C1 with open('RefinedPDBCodeL

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化学反応の優先順位を決める方法は？

容器に複数の化学反応がある場合、その反応の順序を決める方法。たとえば、1つのビーカーにA、B、Cと呼ばれる3つの化学物質があります。化学物質AはBと反応でき、AもCと反応することができます。化学反応の優先順位を決定するルールはありますか？

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いくつかのノードがパスから禁止されている、セットノードから他のすべてのノードへの最短経路の計算

私はPythonで次のものを実装したいと思います。このタイプの最短経路問題に適したモジュールがありますか？私はXYZの指定されたコレクション内のすべての他の原子（ノード）に特定の原子（ノード）から最短経路を定義しようとしてい 3次元化学構造（グラフ）座標。原子（ノード）間の結合は、ノードからノードへの移動が許されるエッジである。私は、選択された中央ノードから外への接続性に基づいて分子（グラフ）か

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化学情報API？

私は入力する化合物の沸点、融点、分子量、化学構造、密度を取得するpythonスクリプトを書こうとしています。私はデータベースを見て、chemspipyとPubChemPyを見つけましたが、どちらも必要なすべてのプロパティを取得できませんでした。私は正常に動作します書かれchemspipyを使用するスクリプトの一部、持っている： from chemspipy import ChemSpider

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データプロットから数学関数を作成する方法

私は決して数学者ではありませんが、私は実際に化学滴定から測定するいくつかのデータプロットからグラフ関数を作成する方法を理解しようとしています。私はRを学ぼうとしています。誰かが私に説明することができるかどうかを知りたいのですが、以下の滴定グラフの数学的関数を作成するためのガイドを教えてください。ありがとうございます。

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異性体n-炭素脂肪族アルカンの計数

n-炭素脂肪族アルカンは、各ノードの次数が4であるn個のノードからなる非ルーテッドツリーである。例として、see thisは、いくつかの低い値の列挙のリストn。私はこのようなn-炭素脂肪族アルカンの数を計算するためのアルゴリズムを探しています。私はseen thisを既に化学スタックエクスチェンジで持っています。ダイナミックプログラミング、つまり小さなコンポーネントから大きなグラフを作成するこ

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Fortranで化学記号を読む

化学記号のリストを読んでいます。 118個の要素があるので、select case構成は119のケースを有する。これを行うより良い方法はありますか？いくつかの要素は、C,Ca,Cd,Coなどの同じ文字で始まるので、A3変数の代わりに3つのA1変数を読み取ると、処理がやや楽になる場合があります。一般的に program case_test implicit none character(len

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指紋の代わりに化学構造検索にINCHIを使用することができます

私はINCHIのメインレイヤー、チャージレイヤー、ステレオケミカルレイヤー（INCHIストリング）を使用して化学分子構造検索（類似性検索と部分構造検索）ほとんどのアプリケーションは、類似性検索またはサブ構造検索を行うための化学的フィンガープリントを対象としています。化学物質の指紋（daylightまたは他の指紋のようなもの）で利用可能なINCHIにはないもの