が表示されますヌクレオチドの位置と一般的なストリングオフセットとの間で異なる必要がある。
最初はどちらも同じですが、文字列に追加するほど多くの違いがあります。あなたは、HTMLタグの世話をし、（タグの前後の空白を囲む含む）、それらをカウントされませんので、それ自身のオブジェクトに文字列をカプセル化した場合
、物事は簡単に再びなる：
$query = "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC";
// wrap line: 11 lines à 50 nucleotids
$seq = chunk_split($query, 50, "<br />\n");
// get help from sequence object
$sequence = new AmendSequence($seq);
// some HTML comments for demonstration purposes
$sequence->insertAt(0, "<!-- first line -->\n");
$sequence->insertAt(50, "<!-- second line -->\n", TRUE); # TRUE: Place after <br />
$sequence->insertAt(75, "<!-- inside second line -->");
$sequence->insertAt(550, "<!-- at end -->", TRUE); # TRUE: Place after <br />
// colorize
$color = '<span style="color: hsl(0,100%,25%);">';
$sequence->insertAt(49, $color);
$sequence->insertAt(50, '</span>');
printf("Sequence with %d nucleotids:\n", count($sequence)); # count gives length w/o amends
echo $sequence, "\n"; # that prints your sequence with all amends
どの次の出力を作成します。
Sequence with 550 nucleotids:
<!-- first line -->
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<span style="color: hsl(0,100%,25%);">A</span><br />
<!-- second line -->
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<!-- inside second line -->AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<br />
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA<br />
AAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB<br />
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB<br />
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB<br />
BBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCC<br />
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<br />
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<br />
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<br />
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC<br />
<!-- at end -->
ので、ここで実際の魔法がnucledotideのオフセット位置を受け入れ、それのためのオフセットの文字列を計算insertAt方法です。それはすべて、初めにはあまりにも多すぎるかもしれないが、DNAとHTMLを含む文字列をDNSのセグメンテーションに分割し、実際の文字列オフセットを得ることです。完全なソースコード：
<?php
/**
* @link http://stackoverflow.com/questions/10446162/how-to-wordwrap-with-different-length-string-modification
*/
/**
* Treat text with "tags" as text without tags when insertAt() is called.
*/
class AmendSequence implements IteratorAggregate, Countable
{
/**
* regex pattern for a tag
*/
const TAG = '\s*<[^>]*>\s*';
/**
* @var string
*/
private $query;
/**
* @param string $query
*/
public function __construct($query = '')
{
$this->setQuery($query);
}
/**
* @param int $offset
* @param string $string
* @param bool $after (optional) prefer after next tag instead before
*/
public function insertAt($offset, $string, $after = FALSE)
{
$offset = $this->translate($offset, $after);
$this->query = substr_replace($this->query, $string, $offset, 0);
}
/**
* Translate virtual offset to string offset
* @param int $virtualOffset
* @return int
* @throws InvalidArgumentException
*/
public function translate($virtualOffset, $after)
{
if ($virtualOffset < 0) throw new InvalidArgumentException(sprintf('Offset can not be lower than 0, is %d.', $virtualOffset));
$virtualCurrent = 0;
foreach ($this as $segment) {
list(, $current, $length) = $segment;
$delta = ($virtualOffset - $virtualCurrent) - $length;
if ($delta < 0 || ($delta === 0 && !$after)) {
return $current + $length + $delta;
}
$virtualCurrent += $length;
}
if ($virtualCurrent === $virtualOffset && $after) {
return strlen($this->query);
}
throw new InvalidArgumentException(sprintf('Offset can not be larger than %d, is %d.', $virtualCurrent, $virtualOffset));
}
/**
* @return array
*/
public function getSegments()
{
$segments = preg_split('/' . self::TAG . '/', $this->query, 0, PREG_SPLIT_OFFSET_CAPTURE | PREG_SPLIT_NO_EMPTY);
foreach ($segments as &$segment) {
$segment[2] = strlen($segment[0]);
}
return $segments;
}
public function getSequence()
{
$buffer = '';
foreach ($this as $segment) {
$buffer .= $segment[0];
}
return $buffer;
}
/**
* @return string
*/
public function getQuery()
{
return $this->query;
}
/**
* @param string $query
*/
public function setQuery($query)
{
$this->query = (string)$query;
}
/**
* Retrieve an external iterator
* @link http://php.net/manual/en/iteratoraggregate.getiterator.php
* @return Traversable An instance of an object implementing <b>Iterator</b> or <b>Traversable</b>
*/
public function getIterator()
{
return new ArrayIterator($this->getSegments());
}
/**
* @link http://php.net/manual/en/countable.count.php
* @return int The custom count as an integer.
*/
public function count()
{
$length = 0;
foreach ($this as $segment) {
$length += $segment[2];
}
return $length;
}
/**
* @return string
*/
public function __toString()
{
return $this->query;
}
}
$query = "AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC";
// wrap line: 11 lines à 50 nucleotids
$seq = chunk_split($query, 50, "<br />\n");
// get help from sequence object
$sequence = new AmendSequence($seq);
// some HTML comments for demonstration purposes
$sequence->insertAt(0, "<!-- first line -->\n");
$sequence->insertAt(50, "<!-- second line -->\n", TRUE); # TRUE: Place after <br />
$sequence->insertAt(75, "<!-- inside second line -->");
$sequence->insertAt(550, "<!-- at end -->", TRUE); # TRUE: Place after <br />
// colorize
$color = '<span style="color: hsl(0,100%,25%);">';
$sequence->insertAt(49, $color);
$sequence->insertAt(50, '</span>');
printf("Sequence with %d nucleotids:\n", count($sequence)); # count gives length w/o amends
echo $sequence, "\n"; # that prints your sequence with all amends
echo $sequence->getSequence(); # without the amends
は今、お気軽にお好きなように多くの部分を色付けする - と、または既にシーケンス内の他のHTMLなし。
ここで何をしようとしていますか？このスクリプトは何ですか？ –
私は特定のフォーマットでシーケンスを表示し、この前に定義される外部結果に従ってシーケンスの特定の部分を着色しようとしています。 – user1338194